转录组测序分析项目及方法汇总(更新中)

最新推荐文章于 2024-04-19 19:30:00 发布
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转录组测序分析项目及方法汇总
基于生工教学手册-从0开始解读转录组整理

1、常见测序成分及差异分析，可视化方法。

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转录组测序分析项目及方法汇总
项目 方法 工作环境
PCA主成分分析 vegan package R package

PCoA

主坐标分析

 vegan package R package
NMDS
非度量多维尺度法
（用以降维分析保留次第关系）

Vegan package

样本距离：bray curtis

聚类树构建：hclust

 R
样本间间距箱线图
样本间距离热图
最低0.47元/天 解锁文章
学海溺子
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专栏目录
派森诺转录+代谢组联合分析
muhamuha2020的博客
12-20 1090
异齿裂腹鱼属于裂腹鱼亚科鱼类，藏语称“棒棒鱼”，是裂腹鱼亚科中具有代表性的四倍体物种，主要分布于雅鲁藏布江干流和支流中，属于青藏高原重要的特有鱼类。目前，由于河流筑坝和过度捕捞，裂腹鱼类的野生资源已经呈逐年下降的趋势。人工养殖亲鱼的培育是异齿裂腹鱼野外资源恢复的有效手段之一，然而，在人工养殖条件下异齿裂腹鱼不能进行正常的性腺发育和成熟，导致驯养条件下异齿裂腹鱼的繁殖功能障碍。 多项研究表明，鱼类繁殖功能障碍是由于人工养殖条件下的综合应激，特别是脂肪酸、维生素等营养因素对卵细胞质量和繁殖功能起着重要作用，从营
转录组分析_转录组测序数据分析（有参考基因组）
weixin_36189723的博客
12-08 4526
转录组测序数据分析（有参考基因组） 一、数据分析流程 二、数据分析内容 1. 数据预处理 目的：对原始测序数据进行一定程度的过滤。 原理：根据测序接头以及测序质量对原始的测序数据进行预处理，其中，测序质量Q与测序错误E之间的关系如下：结果：对预处理后质量以及碱基分布统计进行统计2. 比对基因组 目的：将经过预处理的测序数据与参考基因组进行相似性比对。 原理：Burrower-Wheeler转...
转录组学研究方法
11-21
转录组学基本研究方法 概念 基于测序的转录组学方法 EST 全长cDNA文库 生物信息学分析 基于杂交的转录组学方法 基因芯片 生物信息学分析
转录组测序分析
Rita_rr的博客
04-19 1111
组测序原理 1.定义 2.转录组类型 3.普通转录组测序实验流程图-RNA-Seq 4.cDNA文库 5.文库质控 6.上机测序 6.1、测序原理-边合成边测序（SBS） 1.Flowcell-流动池 2.桥式PCR扩增 7.得到测试数据 五、RNA-seq 应用 六、补充---碱基质量值 七、需要掌握linux基础知识【以及掌握fa、fq等等数据格式】
单细胞及空间转录组高分文章解析！ceRNA学习！
悟道西方
07-26 2307
培训背景 单细胞测序是从单个细胞水平对基因组和转录组进行研究。2015年以来，10X Genomics、Drop-seq、Micro-well、Split-seq等技术的出现，彻底降低了单细胞测序的成本门槛。自此，单细胞测序技术被广泛应用于基础科研和临床研究。通过单细胞测序可以最大程度的反映细胞的异质性，发现新的细胞群和细胞亚群，并为阐明细胞状态转换的...
零基础入门转录组分析——数据处理（自测序数据）
weixin_49878699的博客
02-11 1581
自测序数据处理（基因symbol转化+FPKM计算）
转录组数据分析步骤
weixin_42417422的博客
06-17 3573
转录组数据分析是对RNA测序数据进行解读和解析的过程。
转录组测序（RNA-seq）的数据如何分析？
weixin_55372631的博客
04-03 1万+
经过富集分析后，我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因，通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个，至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法，一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因（2-3个），另一种方法需要有相应的表型数据，与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析，找出与表型高度相关的基因。
转录组分析专题
sunchengquan的博客
12-31 1110
#转录组分析中的R基础知识 #转录组背景知识 #转录组分析流程
数据分析：转录组差异分析总结（DESeq2+limma+edgeR+t-test/wilcox-test）
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RNA-seq转录组的差异分析方法总结
转录组分析_如何快速高效的进行转录组数据分析？
weixin_30194029的博客
01-03 2053
生物科研人员发文章必不可少的就是对测序数据梳理整合，目前比较火爆的分析内容有关键基因筛选，基因家族分析，排名前十的GO注释分类图，特定功能相关基因的互作网络图，多个分组共有差异基因通路展示，转录因子预测及功能分析等等。这些分析怎么做？需要提供什么数据？收费贵不贵？多久能拿到结果？我能不能自己做？转录组数据分析目前比较模式化，要想赢得审稿人青睐，必须要结合具体的科学问题做针对性展示。...
转录组测序分析流程
09-24
转录组测序分析流程
零基础入门转录组分析-数据处理（GEO数据库-高通量测序数据）配套资源
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04-24
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据） https://blog.csdn.net/weixin_49878699/article/details/136032388 教程配套的原始数据+代码+处理好的数据文件 已验证可以从头到尾正常运行，可...
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07-02
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go分析和kegg分析_转录组入门第九课之GO富集和KEGG分析
weixin_33417140的博客
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前些日子，由于各种原因，没想写公众号，其实也不是没有时间，就是一旦一件事情有一天没去做，就觉得其实也可以明天做，明天又觉得做不做都行，再过几天，就可能不去做了。所以，有些时候还是要定个计划和目标的，不管有没有意义，不管做多做少，就像吃饭一样，每天吃多吃少还是要吃点的。今天我们把转录组的差异基因通过Go富集和kegg分析，看看他们是不是真的是差异表达基因。1.Go富集分析 由于稻瘟病...
零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——芯片数据）
weixin_49878699的博客
01-07 2074
GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。并且这个网站作为各种高通量实验数据的公共存储库。这些数据包括基于单通道和双通道微阵列的实验，检测mRNA，基因组DNA和蛋白质丰度，以及非阵列技术，如基因表达系列分析（SAGE），质谱蛋白质组学数据和高通量测序数据。
生信数据分析——GO+KEGG富集分析
weixin_49878699的博客
03-29 8135
转录组数据分析之一，先介绍相关基础知识，其次用实际案例为基础，由浅入深介绍GO+KEGG富集分析全过程
通过转录组测序评估肿瘤突变负荷的技术路线
06-09
通过转录组测序评估肿瘤突变负荷的技术路线一般如下： 1. 样本采集和RNA提取：首先需要从肿瘤组织和正常组织中采集样本，然后提取RNA。RNA提取需要进行质量检测，确保RNA的完整性和纯度。 2. 转录组测序：接下来需要对RNA样本进行测序，一般使用Illumina HiSeq或NovaSeq平台进行测序。转录组测序需要进行质量控制和去除低质量序列。 3. 数据预处理：转录组测序数据需要进行预处理，包括去除低质量序列、去除接头序列、去除rRNA序列、去除重复序列等步骤。 4. 转录本定量：使用转录组测序数据进行转录本定量，一般使用RSEM、Kallisto、Salmon等工具进行转录本表达量计算。 5. 突变检测和注释：使用转录本定量数据进行突变检测和注释，一般使用Mutect、VarScan、GATK等工具进行突变检测和注释，同时需要进行过滤和筛选，去除假阳性突变位点。 6. 肿瘤突变负荷计算：使用突变位点和转录本表达量数据计算肿瘤突变负荷，一般计算方法为TMB = 突变数/覆盖的基因组大小，单位为Mb。 7. 数据分析和解释：根据计算得到的肿瘤突变负荷数据，进行数据分析和解释，例如与临床特征和预后相关性的分析。 需要注意的是，转录组测序评估肿瘤突变负荷可能会受到样本来源、测序平台、数据处理等因素的影响，因此需要进行标准化和质量控制，确保数据的可靠性和准确性。

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