组基轨迹建模 GBTM的介绍与实现(Stata 或 R)

基本介绍

组基轨迹建模(Group-Based Trajectory Modeling,GBTM)(旧名称:Semiparametric mixture model)

历史:由DANIELS.NAGIN提出,发表文献《Analyzing Developmental Trajectories:A  Semiparametric,Group-Based Approach》

GBTM能够将一群人的轨迹分类并生成数个具有代表性的运动轨迹模型,然后对每个轨迹模型进行分析,以了解人们的运动特征、生理水平和风险等级等。GBTM的核心思想是将人群分成几组,每组中的人员都具有类似的运动规律,这些规律被用于描述和预测他们未来的运动轨迹,从而为个人和群体的健康管理提供更科学的依据。

  • 主要用于分析纵向数据,探索总体中的异质性
  • 原理:假定总体存在异质性,即总体中存在若干个不同发展轨迹或模式的潜在亚组
  • 目的:探索总体中包含有多少个发展趋势不同的亚组,并确定各亚组的发展轨迹
  • 轨迹的等级与形状由模型的回归参数决定,模型的回归参数通过最大似然比估计

组轨迹建模流程

组轨迹模型的建立是需要不断建立、反馈、修正的过程。
1.拟合1~6组轨迹模型,每个轨迹分别拟合线性、平方和立方
2.通过模型计算模型参数估计,剔除无意义的估计项,重新拟合。
3.通过比较不同模型间的拟合评价指标和专业可解释性选择合适的轨迹。
4.评价模型内充分性

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R语言可以用于轨迹模型的建模和分析。以下是一个简单的例子: 1. 数据准备 首先需要准备轨迹数据,通常是一组时间序列数据,包括每个时间点的位置信息。在R中可以使用data.frame或者SpatialPointsDataFrame等数据结构来存储轨迹数据。例如: ``` library(sp) library(rgdal) # 读取轨迹数据 traj <- readOGR(dsn=".", layer="trajectory") # 输出数据的前5条记录 head(traj@data) ``` 2. 轨迹可视化 接下来可以用R中的ggplot2等可视化工具来绘制轨迹图,以便更好地理解数据的特征和分布。例如: ``` library(ggplot2) # 绘制轨迹图 ggplot(data=traj@data, aes(x=lon, y=lat, group=id)) + geom_path() + theme_bw() ``` 3. 轨迹模型建立 根据轨迹数据的特征,可以选择不同的模型来描述轨迹的运动规律和演化趋势。常见的轨迹模型包括随机游走模型、马尔可夫模型、神经网络模型等。在R中可以使用各种统计或机器学习工具来建立这些模型。例如: ``` library(dplyr) library(tidyr) library(HMM) # 数据预处理 traj_df <- traj@data %>% select(id, time, lon, lat) %>% pivot_wider(names_from = "time", values_from = c("lon", "lat")) obs <- traj_df %>% select(-id) %>% as.matrix() # 建立隐马尔可夫模型 model <- initHMM(obs, nStates=3, nSymbols=2) trained_model <- baumWelch(model, obs) # 输出模型参数 print(trained_model) ``` 4. 轨迹模型评估 建立轨迹模型后,需要对模型进行评估和验证,以确保模型的准确性和实用性。在R中可以使用各种评估指标和可视化工具来进行模型评估。例如: ``` library(HMM) library(ggplot2) # 模型评估 logLik <- forward(trained_model, obs) aic <- -2*logLik + 2*trained_model$Nparams bic <- -2*logLik + log(nrow(obs))*trained_model$Nparams # 输出评估指标 print(paste0("Log-likelihood: ", logLik)) print(paste0("AIC: ", aic)) print(paste0("BIC: ", bic)) # 绘制轨迹分类图 class <- viterbi(trained_model, obs) traj_df$class <- class ggplot(data=traj_df, aes(x=lon, y=lat, group=id)) + geom_path(aes(color=as.factor(class))) + theme_bw() ``` 以上是一个简单的轨迹模型建模和分析的流程。当然,具体的数据处理和模型选择还需要根据具体问题进行调整和优化。

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