infercnv跑的结果中无infercnv.observations.txt

最新推荐文章于 2025-03-30 16:09:26 发布

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#r语言 #infercnv

在运行infercnv的run方法时，用户发现缺少infercnv.observations.txt文件。问题在于默认参数中write_expr_matrix被设为False。为得到该文件，需手动设置write_expr_matrix为True，更新后的代码能正常生成观测结果文件。

在跑infercnv::run时，可以正常跑完流程，但是输出结果没有infercnv.observations.txt文件

代码如下：

infercnv_obj = infercnv::run(infercnv_obj,
                             cutoff=0.1,  
                             out_dir="output_dir", 
                             cluster_by_groups=T,  
                             denoise=T,
                             HMM=T,
                             no_prelim_plot=F
                             num_threads=3
)

原因，需要自己设置参数write_expr_matrix=T，默认时F

加上这个参数跑即可

参考：infercnv.observations.txt not found · Issue #481 · broadinstitute/infercnv (github.com)