pip install git+https://github.com/ewels/MultiQC.git #Installation with pi #命令行输入
which multiqc #查找multiqc安装位置,得到:
/root/anaconda3/bin/multiqc
vim ~/.bashrc
#设置环境变量的方式
export PATH=/root/anaconda3/bin/multiqc:$PATH #输入环境变量,ctrl+x
source ~/.bashrc #在命令行输入,意思为保存文件,手动生效
在数据的当前目录,可以直接输入:
multiqc . #注意点之前有空格
查看fq.gz前8行的序列:
zcat SUC1_2_2.fq.gz | head -n 8
安装seqkit:
git clone https://github.com/shenwei356/seqkit
运行seqkit:
docker build -t seqkit . #别忘了最后有个点
docker run -it seqkit:latest