Monocle2 实验学习日志

最新推荐文章于 2024-03-11 13:35:20 发布

冠long馨

最新推荐文章于 2024-03-11 13:35:20 发布

阅读量2.2k

点赞数 1

文章标签：数据挖掘

本文链接：https://blog.csdn.net/koulongxin123/article/details/110458040

版权

本文记录了使用Monocle2进行实验学习的过程，包括Bioconductor包的安装，NewCellDataSet函数创建对象，数据集的构建以及如何通过detectGenes()函数进行基因过滤和细胞质量评估。在构建表达矩阵和注释信息时，强调了行名和列名的匹配以及基因和细胞信息的重要性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

12.1
1）Install Bioconductor Packages
官网：https://bioconductor.org/install/

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

2）加载包与数据

library(ggplot2)
library(HSMMSingleCell)
library(monocle)
library(Biobase)
library(knitr)
library(reshape2)
data(HSMM_expr_matrix)
data(HSMM_gene_annotation)
data(HSMM_sample_sheet)
HSMM_expr_matrix[1:10,1:5]

                    T0_CT_A01 T0_CT_A03 T0_CT_A05 T0_CT_A06 T0_CT_A07
ENSG00000000003.10  21.984400  1.280040 43.461800   0.00000 39.807600
ENSG00000000005.5    0.000000  0.000000  0.000000   0.00000  0.000000
ENSG00000000419.8   40.059700 77.580800  6.496560   4.90934  1.156520
ENS

最低0.47元/天解锁文章

冠long馨

关注

1
点赞
踩
5

收藏

觉得还不错? 一键收藏
打赏
3
评论
Monocle2 实验学习日志

12.1 Install Bioconductor Packages官网：https://bioconductor.org/install/if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install()
复制链接

扫一扫