Nature|果蝇全脑注释和多连接体细胞分型

摘要
果蝇Drosophila melanogaster已成为神经科学中的关键模型生物，这在很大程度上是由于可用于它的协同生成的分子、遗传和数字资源的集中。在这里，我们用神经元类别、细胞类型和发育单位（半谱系）的系统和层次注释来补充大约140000个神经元FlyWire全脑连接1。在8453种注释细胞类型中，3643种以前是在部分半脑连接2中提出的，4581种是新类型，主要来自半脑亚体积外的大脑区域。尽管几乎所有的半脑神经元在FlyWire中都可以在形态上匹配，但大约三分之一的半脑细胞类型无法被可靠地重新识别。因此，我们提出了一种新的细胞类型定义，即细胞群在数量上与不同大脑中的细胞比与同一大脑中的任何其他细胞更相似，我们通过对FlyWire和半脑连接体的联合分析来验证这一定义。进一步的分析为大脑之间连接的可靠性定义了简单的启发式方法，揭示了神经元计数和连接的广泛刻板性和偶尔的可变性，并通过调节兴奋性输入的绝对量同时保持兴奋/抑制比，为蘑菇体的功能稳态提供了证据。我们的工作为蝇脑定义了一个共识细胞类型图谱，并为脑尺度比较连接组学提供了一个智能框架和开源工具链。

Main
成年果蝇代表了当前全脑连接组学的前沿。新完成的完整成年雌性大脑（FAFB）连接体有139255个神经元，在对数尺度上介于秀丽隐杆线虫的第一个连接体（302个神经元3,4）和小鼠（108个神经元）之间，这是一个理想但目前难以处理的靶点5。现在，一个完整的成年果蝇大脑连接体的可用性允许绘制跨越大脑的电路，并将其与电路动力学和行为联系起来，就像线虫和最近的果蝇幼虫（3016个神经元）长期以来所做的那样。然而，成年果蝇具有更丰富的行为，包括行走或飞行时的复杂运动控制7、求偶行为8、涉及决策9、灵活的联想记忆10,11、空间学习12和复杂的13,14多感官15,16导航。

我们的配套论文1中报道的FlyWire脑连接组是迄今为止获得的最大、最复杂的连接组。全连接组来自约100万亿体素FAFB全脑电子显微镜（EM）体积17，可以表示为具有139255个节点和约1510万条加权边的图形。在这里，我们制定并回答了在这个尺度上解释连接体所必需的关键问题，包括（1）我们如何知道哪些边是重要的；（2） 我们如何简化连接组图以帮助自动化或人工分析；以及（3）这个连接组在多大程度上是单个大脑的快照或整个物种的代表（或者我们收集了一片“雪花”？）。这些问题与数据集内和数据集之间的连接组注释和细胞类型识别有着千丝万缕的联系18,19。

在最基本的层面上，如果没有我们现在提供的全面注释系统，导航这个连接组将极具挑战性。我们的注释代表了一个索引和分层的人类可读部分列表18,20，使生物学家能够探索他们感兴趣的系统和神经元。连接组注释对于确保数据质量也至关重要，因为它不可避免地会揭示必须纠正的分割错误。此外，果蝇在探索各种先天和后天行为的电路基础及其发育遗传起源方面有着丰富的历史；只有通过将连接组内的细胞类型与已发表和正在进行的文献中描述的细胞类型进行交叉鉴定，才能实现该数据集的全部潜力。本文报告了连接组的这一关键组成部分以及我们生成的开源工具（表1）和资源。由于连接组的注释和校对是密不可分的，因此最好将配套论文1和本文共同引用，因为它们共同描述了FlyWire资源。

连接组的层次注释
定义不同类型神经元的注释是探索和解释任何连接组的关键；但是，随着FlyWire连接组（我们与配套论文1联合报道）现在超过10万个神经元的标记，它们的意义也越来越大，生成也更具挑战性。我们根据大脑的解剖组织（图1和补充视频1和2）以及神经元的发育起源和粗略形态（图2）定义了一套全面、系统和分层的注释。基于这些以及验证从预先存在的数据集中识别的细胞类型，我们定义了一组共识终端细胞类型，旨在捕捉大脑中可重复的最精细的组织水平（图3）。

我们首先收集并整理了数据集中每个神经元的基本元数据，包括胞体位置和侧面，以及传入和传出神经元的进入或退出神经（图1）。我们的团队还预测了所有神经元的神经递质特性，如其他地方所报道的21。然后，我们定义了一个由四个级别组成的层次结构：流>超类>类>单元类型，它们以不同的粒度提供显著的标签（图1a，补充表1和扩展数据图2）。

前两个层次，即流和超类，都有密集的注释：每个神经元要么是传入的、传出的，要么是大脑固有的（流），并属于九个超类之一：感觉（外周到大脑）、运动（大脑到外周）、内分泌（大脑到杏仁核/贲门）、上升（腹侧神经索（VNC）到大脑），下降（大脑到VNC）、视觉投射（视叶到中央大脑）、视觉离心（中央大脑到视叶），或视叶或中央大脑固有（图1b和补充表2）。映射到https://virtualflybrain.org/（参考文献22）数据库允许神经元和类型与其他出版物（方法）进行交叉引用。请注意，由于在本研究准备过程中发现的FAFB数据集17的原始采集过程中左右轴的反转（扩展数据图1；见方法的“FAFB侧向性”部分），本研究中的正面图形和FlyWire连接1的苍蝇左侧在观察者的左侧，苍蝇右侧在观察者右侧，这与通常的惯例相反。然而，所有侧面的标签在生物学上都是正确的。

该类字段包含文献中已有的神经生物学分组（例如，中枢复合神经元；补充表3），对中枢大脑的注释很少（43%），这在很大程度上是因为过去的研究偏向于某些大脑区域而非其他区域。在视叶中，99%的神经元具有基于其神经支配的通用类别。最后，98%的中枢脑神经元被赋予了一种终末细胞类型，其中大多数可能与文献中的至少一篇报道有关（图1c）。我们对视叶的注释包括左右视叶92%神经元的细胞类型。另一份报告23将描述视叶固有的所有神经元的全面分型。我们总共收集了139255个神经元的870000多个注释；所有这些都可以下载并通过neurographer场景获得（方法和扩展数据图11）。共有32388个（23%）神经元是中枢脑固有的，77536个（54%）神经元是视叶固有的。视叶和中央大脑通过8053个视觉投影和524个视觉离心神经元连接。中枢大脑通过5512个感觉神经元和2362个上升神经元接收传入输入。通过1303个下行神经元、80个内分泌神经元和106个运动神经元实现有效输出。

我们发现中枢脑固有神经元的数量存在明显的立体性，例如，在左半球和右半球之间，它们只相差27个（0.1%）神经元。对于左计数与右计数一致性较低的超类，如上升神经元（140,11%），差异通常是由于侧向性的模糊性造成的（图1d和方法）。

将所有神经元的密集超类注释与连接体1相结合，可以鸟瞰中央大脑的输入/输出连接（图1f）：中央大脑55%的突触输入来自视觉系统；25%来自VNC，通过上升神经元；只有18%来自外周感觉神经元。这令人惊讶，因为感觉神经元几乎和视觉投射神经元一样多（图1d，e）；因此，单个视觉投射神经元提供的突触大约是2.5倍，突显了这种信息流的价值。输入神经元在中央脑神经元上形成大约两个突触，而在输出神经元上形成一个突触。大多数输出突触通过下行神经元靶向VNC（75%）；其余的则向视系统提供离心反馈（15%）、运动神经元输出（9%）和向外周提供内分泌输出（1%）。