如何更新已安装过的Bioconductor软件包？

Bioconductor官网的“Update Installed Bioconductor Packages”介绍了更新方法，翻译如下：

• Bioconductor的软件包，特别是那些在仍在开发中的包，更新的频率相当快。如果要识别出那些需要在你的Bioconductor版本中更新的软件包，启动新的R会话，输入

BiocManager::install() #使用参数“ask=FALSE”从而在没有提示的情况下更新旧R包

• 由于开发周期的缘故，所有的R版本都会最终支持一个以上的Bioconductor。为了在你的R中使用最新版本的Bioconductor，输入：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

• 参考 BiocManager::install() 函数，详细参数如下：

BiocManager::install(
  pkgs = character(),
  ...,
  site_repository = character(),
  update = TRUE,
  ask = TRUE,
  checkBuilt = FALSE,
  force = FALSE,
  version = BiocManager::version()
)

• pkgs：字符向量，指定需要安装或更新的包的名称。如果为缺失值的话则根据“update =”和“ask =”参数来更新已安装过的R包。即install()函数也可以用来更新R包
• update：逻辑符。如果为“F”，BiocManager::install() 将不会更新旧R包；如果为“T”，将根据“ask =”参数更新旧R包
• ask：逻辑符，决定是否需要在更新已安装R包前提示。如果为“T”，使用者可以选择在不提示的情况下更新所有过时R包、挑选更新的R包或取消更新（在非交互式会话中，只有“ask = F”时才会更新R包