Bioconductor官网的“Update Installed Bioconductor Packages”介绍了更新方法,翻译如下:
- Bioconductor的软件包,特别是那些在仍在开发中的包,更新的频率相当快。如果要识别出那些需要在你的Bioconductor版本中更新的软件包,启动新的R会话,输入
BiocManager::install() #使用参数“ask=FALSE”从而在没有提示的情况下更新旧R包
- 由于开发周期的缘故,所有的R版本都会最终支持一个以上的Bioconductor。为了在你的R中使用最新版本的Bioconductor,输入:
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()
- 参考 BiocManager::install() 函数,详细参数如下:
BiocManager::install(
pkgs = character(),
...,
site_repository = character(),
update = TRUE,
ask = TRUE,
checkBuilt = FALSE,
force = FALSE,
version = BiocManager::version()
)
- pkgs:字符向量,指定需要安装或更新的包的名称。如果为缺失值的话则根据“update =”和“ask =”参数来更新已安装过的R包。即install()函数也可以用来更新R包
- update:逻辑符。如果为“F”,BiocManager::install() 将不会更新旧R包;如果为“T”,将根据“ask =”参数更新旧R包
- ask:逻辑符,决定是否需要在更新已安装R包前提示。如果为“T”,使用者可以选择在不提示的情况下更新所有过时R包、挑选更新的R包或取消更新(在非交互式会话中,只有“ask = F”时才会更新R包