如何在R包中输入合适的数据格式？

已于 2022-08-02 19:33:07 修改
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分类专栏： 未分类 文章标签： r语言
于 2022-08-01 12:01:20 首次发布
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版权

基本原则

  • 不同样本间比较时，如果用的程序不能在样本间进行标准化，那一定要提供标准化后的数据

  • 数据标准化是标准化、差异检验是差异检验

    这是2个步骤，不能因为一个函数可以完成（如DESeq2），就以为是一步！！

转录组：不同分析用什么数据？

  • 原始矩阵：count矩阵
  • 标准化：CPM、TPM、FPKM、DESeq2/edgeR
  • count矩阵用于提供给DESeq2进行差异表达分析
  • 样本聚类分析等除差异表达分析的全部场景可以使用以上任意标准化的数据
郁柳_Fudan
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