简介
分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库,可与 GSEA 软件一起使用。从这个网站,您可以进行如下活动:
- 按关键词搜索基因组
- 按名称或集合浏览基因集
- 浏览基因集及其注释
- 下载基因集
MSigDB中的所有基因集被划分为九大模块,包括H(hallmarker gene sets)、C1(positional gene sets)、C2(curated gene sets)等。
如何下载基因集?
1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词,如“lactate”,并选择相应的物种“Homo saplens”
2、选中所需的基因集,并选择导出.gmt文件
3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件
file = 'genesets.v7.5.1.gmt'
geneset <- clusterProfiler::read.gmt(gmtfile = file)
- “term”为基因集名称,“gene”为基因名称,不同term的gene可能会有重复