MSigDB数据库

简介

分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。从这个网站，您可以进行如下活动：

• 按关键词搜索基因组
• 按名称或集合浏览基因集
• 浏览基因集及其注释
• 下载基因集

MSigDB中的所有基因集被划分为九大模块，包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。

如何下载基因集？

1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词，如“lactate”，并选择相应的物种“Homo saplens”

2、选中所需的基因集，并选择导出.gmt文件

3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件

file = 'genesets.v7.5.1.gmt'
geneset <- clusterProfiler::read.gmt(gmtfile = file) 

 

• “term”为基因集名称，“gene”为基因名称，不同term的gene可能会有重复