ICGC数据库

简介

ICGC（International Cancer Genome Consortium）数据库，收集了50种不同癌种的基因表达数据、体细胞突变数据（单核苷酸突变和拷贝数变异）、临床信息。ICGC囊括了TCGA、TARGET等数据库中的相关数据。

如何从ICGC中下载数据？

1、ICGC主页中选择“DCC Data Releaseds”，进入如下页面

• 我们可以看到不同时间版本的数据，一般选择最新版本，点击“current”—“Projects”

2、在如下页面中选择需要的数据集

•  前列腺癌PRAD的数据集有图中所示的5个，其中有一个来自TCGA

3、以PRAD-TCGA数据集为例

• donor.PRAD-US.tsv.gz：临床数据

• exp_seq.PRAD-US.tsv.gz：测序数据

补充

1、ICGC和TCGA数据库的区别？

• ICGC数据库是个国际肿瘤基因组协作组，是一个全球性的合作数据库，包含的样本是来自不同国家和地区；TCGA数据库是美国国立癌症研究所的数据库，只有来自美国的样本

• ICGC数据库中包含TCGA的数据

• 在生信研究时，ICGC数据库经常作为验证数据集