生信|甲基化数据处理（？）

首先，朋友下载的数据是sra格式（sequence read archive二代测序数据）

“我们一般从 NCBI SRA 数据库下载的高通量测序数据均为 SRA 数据，需要通过 sra-tools 中的工具转换成 fastq 格式。”

一些背景知识：

SRA数据分类

根据SRA数据产生的特点，将SRA数据分为四类：

• Studies-- 研究课题
• Experiments-- 实验设计
• Samples-- 样品信息
• Runs-- 测序结果集

这四种分类有一个层次关系。首先是Studies->Experiments->Samples->Runs。这也是一个研究项目正常的逻辑关系。了解这个层级关系，否则找sra数据就会感觉比较混乱。
一个study可能包含多个Experiment，Experiments包含了Sample、DNA source、测序平台、数据处理等信息。
SRA数据库用不同的前缀加以区分：

• ERP或SRP表示Studies；
• SRS 表示 Samples；
• SRX 表示 Experiments；
• SRR 表示 Runs。

sra-tools