病原微生物高通量测序：第一节 概述

2014 年前后，国内肿瘤基因检测才刚起步，但奥巴马总统在 2015 年 1 月 20 日的国情咨文中，提出“精准医疗”这一概念，着实为肿瘤基因检测加了一把火，这把火迅速烧到国内，因为彼时的“精准医疗”，约等于“肿瘤基因检测”。

眼看这火越烧越旺，已经有企业的肿瘤试剂盒报下了证，我也没能把持住，在 2018 年毅然决定离开熟悉的科研测序服务行业，奔向了医学的新时代。

然而过了两年，情况却发生了变化。尽管肿瘤的火依然很旺，但是正如围城，外面的想进来，而城里的，却想出去。

这两年高通量测序在临床病原微生物检测中的应用热起来了，究其原因：一方面临床有需求，另一方面相关技术也成熟了。

临床微生物检测为什么要引入高通量测序？是为了克服传统技术的不足，以及拓展新的诊疗手段。

因为一个多世纪以来，传感染病的检测主要靠临床医生的经验判断，或者进行一些实验室检查。通常是一次测试，只能检测一种或少数几种病原体。

1. 血常规、器官或组织的影像学指标。只能判断感染的可能性，不能作为确认的依据。比如血常规，只能告诉你有没有细菌或病毒感染，但不知道是什么细菌或病毒；

2. 实验室检查。如抗原检测、核酸检测、代谢产物检测和毒素检测，是判断感染、指导预后的重要手段；

• 细菌和真菌检测。通常需要先进行分离培养，再结合生化反应进行鉴定，并进一步进行药物敏感性试验，这种模式是临床微生物实验室惯用的经典模式，为临床解决了很多关键问题，然而其周期长、阳性率低、通量低等弊端往往难以满足临床日益增长的需求。

• 病毒、支原体、衣原体检测。难以像细菌一样进行分离培养，通常采用分子生物学方法如聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction, PCR）测定核酸，灵敏快速，但只限于已知病原体的检测，且检测结果提供的信息相对有限，难以解决由变异带来的医学问题。

为了克服传统方法的不足，2005 年出现的下一代测序技术（next-generation sequencing technology，NGS）在病原微生物检测中的应用具有非常大的优势。

1. 通量大，一次可检测成百上千个物种，特别是未知的病原，测定其核酸序列是必不可少的手段；

2. 直接测定病原微生物的核酸序列，能为临床提供准确的诊断依据，如物种鉴定、分型以及耐药突变等；

3. 更低的检测限，即使病原微生物的丰度很低，也能够检测到；

4. 疑难微生物，以及难以培养甚至无法分离培养的少见菌属的鉴定，特别是新型病原微生物的暴发流行监测方面，NGS 快速、准确和高分辨率的特点，使其成为病毒鉴定的金标准，在流行病学分型中发挥着重要作用。

当然，NGS 的缺点也是有的：

1. 相对于 PCR，时效性处于劣势；

2. 成本较高，暂时不会完全取代现行的常规鉴定手段。

即便有不足，NGS 的技术优势更明显。在疑难微生物、难以培养甚至无法分离培养的少见菌属的鉴定，特别是新型传染病爆发流行监测方面，NGS 准确和高分辨率的特点，使其成为病原体鉴定的金标准，在流行病学分析中发挥着重要作用。

参考文献：

李金明. 高通量测序技术. 北京：中国科学出版社，2018-11-01.

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