生信小白都会的转录组数据分析流程

在Galaxy生信云平台，无需任何代码，即可从下机数据开始，分析得到转录组的表达量矩阵。

有了生物信息界的新物种，生信云。从此不需要购置服务器，不需要学习编程，生信小白也可以进行生物信息数据分析了。

工具地址

Galaxy中国（UseGalaxy.cn）> RNA ANALYSIS TOOLS > Standard Analysis > 有参转录组标准分析

功能描述

本工具用于转录组二代测序数据的标准分析，可生成表达量矩阵和测序数据质控结果。

---

这是一套非常流行的转录组定量分析流程，即 Hisat2 + Stringtie 经典组合，其步骤为：

1. fastp，进行质量控制，去除测序数据中不合格的序列，保留高质量序列用于后续分析；

2. hisat2，将经过质控得到的 Clean data，比对到参考基因组上；

3. samblaster，去除PCR或光学重复;

4. samtools，去除不合格的比对序列，将 SAM 文件转换成 BAM 文件；

5. stringtie，结合 hisat2 得到的比对文件（BAM）和基因组注释文件（GTF），进行定量分析，得到每个样本的表达量文件（FPKM / TPM）；

6. prepDE.py，将 FPTM / TPM 转化为 Counts 计数的表达量矩阵，用于后续差异基因等分析。

操作步骤

1. 创建一个新的历史面板

在网站右侧的历史面板上方，点击 + 号，创建一个新的历史面板，可以为新面板取一个名字，如：Three Yeast Test。

2. 数据准备

2.1 共享数据的使用方法

如果使用测试数据，可以在网站上方菜单栏，找到：

• 数据共享 > 数据库 > RNA-seq > Three Yeast