参考基因组：小鼠（mm9）

小鼠基因组计划是一项正在进行的工作，旨在对常见实验室小鼠品系之间的所有形式的遗传变异进行编目，并为关键品系构建和注释参考基因组。

操纵小鼠基因组的能力，加上丰富的疾病模型、近交系和基因组资源，使小鼠成为哺乳动物生物学遗传方法的首要模式生物。一个多世纪以来，小鼠遗传学已经提供了大量的近交系，自发和工程突变，使小鼠成为研究人类疾病的典范系统。获得多个近交系的完整序列将增加这些资源，并将成为研究小鼠表型变异的系统生物学方法的永久基础。

目前小鼠的参考基因组有：mm9，mm10 以及 GRCm39（2024-06-12）。本文介绍 mm9 基因组的下载方法。

参考基因组下载（mm9）

下载参考基因组:

https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/mm9.fa.gz

下载基因注释文件:

https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/genes/mm9.refGene.gtf.gz

接下来就可以制作 STAR, Hisat2，Bowtie2 等需要的参考基因组索引了。

最后的话

目前小鼠的参考基因组 mm9 已经可以在 UseGalaxy.cn 平台使用了。如果您需要其他参考基因组，请随时告诉我们。

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