R语言【paleoDiv】——phylo.spindles()：用纺锤图绘制系统发育树，优化显示分类多样性。

Package paleoDiv version 0.2.2

---

Usage

phylo.spindles(
  phylo0,
  occ,
  stat = divdistr_,
  prefix = "sptab_",
  ages = NULL,
  xlimits = NULL,
  res = 1,
  weights = 1,
  dscale = 0.002,
  col = add.alpha("black"),
  fill = col,
  lwd = 1,
  lty = 1,
  cex.txt = 1,
  col.txt = add.alpha(col, 1),
  axis = TRUE,
  labels = TRUE,
  txt.y = 0.5,
  txt.x = NULL,
  add = FALSE,
  tbmar = 0.2,
  smooth = 0
)

---

Arguments

参数【phylo0】：一个时间校准的系统发育树来绘制主轴图，或者一个分类名称的特征向量来绘制主轴图。

参数【occ】：包含用于绘制多样性的分类范围表的list()对象，或包含数值绘制统计信息的matrix()或data.frame()对象。如果提供了后者，则会重写divdistr_()的默认用法，该函数将查找名为“x”的列和与系统发育提示匹配的列。标记来绘制纺锤体。

参数【stat】：绘制要传递给viol()的统计数据。默认使用divdistr_()。

参数【prefix】：occ中分类范围表的前缀。默认为"sptab_"。

参数【ages】：可选矩阵，具有每个主轴的年龄上限和下限，格式类似tree.ages()的输出(最常见的是用于时间校准树的相同校准矩阵)。

参数【xlimits】：在x轴上绘制的极限。

参数【res】：分集估计的时间分辨率(如果occ是包含绘图统计信息的矩阵或数据帧，则忽略此分辨率)。

参数【weights】：分集估计的权重。必须与xlimits除以res的范围长度相同。详细信息请参见divdistr_()。

参数【dscale】：轴在y轴上的刻度值。应手动调整，以优化可见性的结果。

参数【col】：用于绘制的纺锤体边界的颜色。

参数【fill】：用于绘制轴的填充的颜色。默认为col。

参数【lwd】：已绘制主轴的线宽。

参数【lty】：线形为绘制的主轴。

参数【cex.txt】：调整提示标签文字大小。

参数【col.txt】：提示标签文本颜色，默认为与col相同，但没有透明度。

参数【axis】：逻辑指示是否绘制(时间)x轴(默认为TRUE)。

参数【labels】：逻辑指示是否绘制系统发育的尖端标签(默认为TRUE)。

参数【txt.y】：标签Y轴对齐。

参数【txt.x】：用于绘制尖端标签的X坐标。可以是适用于所有标签的单个值，还是与phylo0$tip.label长度相同的向量。

参数【add】：逻辑指示是否添加到现有的图中，在这种情况下，只有纺锤体绘制在现有系统发育的顶部，或者不添加，在这种情况下，系统发育与纺锤体一起绘制。

参数【tbmar】：上下边距围绕着情节。长度为1或2的数字。

参数【smooth】：传递给divdistr_()的平滑参数。

---

Details

spindles()函数允许在系统发育的每个末端分支上使用纺锤图来绘制系统发育。根据occ和stat的设置，可以表示各种数据(例如，差异，丰度，各种多样性度量，例如由divDyn包输出的数据等)，但是该函数被优化为绘制divdistr_()的结果，并且在默认情况下这样做。如果使用另一个函数作为stat的参数，则它必须能够将由xlimits和res产生的序列作为其第一个，并将occ作为其'table'参数，并返回与要绘制的range(xlimits)/res相同长度的向量。如果occ是包含多个数据框的list()对象，则发生数据集或分类单元范围表将自动转换为分别使用abdistr_()或divdistr_()(如果该图包含系统发育)。如果occ是一个矩阵或data.frame，则x值必须已经被转换(例如使用tsconv())以匹配系统发育。

---

Value

在每个末端分支上绘制有纺锤体图的系统发育图。

---

Example

data(archosauria)
data(tree_archosauria)
data(ages_archosauria)
data(diversity_table)
phylo.spindles(tree_archosauria,occ=archosauria,dscale=0.005,ages=ages_archosauria,txt.x=66)

phylo.spindles(tree_archosauria,occ=diversity_table,dscale=0.005,ages=ages_archosauria,txt.x=66)