广东省生态土壤所孙蔚旻团队FEMS: 砷锑污染土壤剖面的微生物世界

广东省生态土壤所孙蔚旻团队FEMS: 砷锑污染土壤剖面的微生物世界

第一作者：徐锐

通讯作者：孙蔚旻

通讯单位：广东省生态环境与土壤研究所

论文DOI: https://doi.org/10.1093/femsec/fiaa188

图文摘要

不同深度土壤剖面中微生物对砷、锑污染的响应模式图。

成果简介

近日，广东省生态环境与土壤研究所孙蔚旻研究团队在环境微生物领域期刊《FEMS Microbiology Ecology》发表了题为“Microbial adaptation in vertical soil profiles contaminated by antimony smelting plant”的研究文章，揭示了土壤微生物在不同剖面深度下对砷、锑污染的生态适应性机制。

全文速览

砷、锑矿的大量开采，导致我国西南多地形成了严重的土壤金属污染问题。不同的土壤深度，可影响砷、锑的浓度、形态、吸附、迁移、生物转化等过程。本项目聚焦砷、锑污染随土壤垂直剖面深度的变化特征，及其对不同深度剖面中土壤微生物的影响方式进行了系统研究。研究发现，与未污染的对照土壤剖面相比，遭受污染的土壤剖面各层形成了截然不同的理化特征，进而显著改变了Acidobacteria, Chloroflexi, Proteobacteria, Thaumarchaeota等主要土壤菌群的丰度。共线性网络表明，菌群互作强度可由重污染的浅层土壤向轻污染的深层土壤逐渐恢复。宏基因组测序发现微生物碳代谢基因丰度与砷锑浓度呈现负相关，砷循环基因丰度在浅层富集并可随剖面深度增加而减少。

研究方法

1.研究场地与样品采集

本研究在“世界锑都”——湖南锡矿山选取了两块污染场地（contaminated profiles，CP）作为平行，同时在距核心污染区8公里外选取一块未污染对照场地（uncontaminated profiles，UCP）。每块场地沿垂直剖面从表层（0米）到深层（2米）各采集20层（0.1米间隔），一共收集了60个土壤样品进行下游分析。

2.理化分析

主要分析指标包括氧化还原电位（Eh）、pH、硝酸盐浓度、硫酸盐浓度、总有机碳（TOC）、（亚）铁离子浓度、以及砷、锑金属浓度等。

3.扩增子测序

使用Illumina MiSeq双端测序平台（PE-250）对土壤微生物基因组的V4-V5区进行扩增测序，采用推荐的引物对515F/907R。下机数据采用自行建立的分析脚本进行，主要包括序列质控、OTU聚类、GreenGene注释等。

4.宏基因组测序

使用Illumina Hiseq 4000双端测序平台（PE-150）对土壤微生物的宏基因组进行鸟枪法测序，一共获得133Gb下机数据，经Kneaddata质控后用Megahit拼接组装。使用Prokka和Salmon进行基因注释与定量。功能基因使用KEGG、COG等数据库注释。

5.土壤生物量测定

使用推荐的引物对338F/518R对细菌16S rRNA基因进行定量qPCR扩增，用于评估样品的土壤生物量。

6.统计分析方法

共线性网络使用R包“ggcorplot“计算相关矩阵后，导入Gephi绘制网络图。随机森林模型采用R包“randomForest”计算环境因子的贡献度。使用STAMP计算样品的差异性。采用GraphPad Prism绘制主要统计图形。

图文导读

图1 对比污染场地（CP）和未污染场地（UCP），发现土壤理化因子随垂直剖面深度变化而呈现不同的分布特征。总体而言，CP场地各层的pH更低、Eh更高、硫酸盐浓度更高，而TOC、铁离子及硝酸盐浓度则没有显著区别（*p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, ****p < 0.0001, ns: Not Significant）。

图2 砷、锑金属总浓度（-tot）、可交换态浓度（-exe）以及吸附态浓度（-srp）随土壤剖面深度变化而变化。特别是在污染场地CP中，砷、锑总浓度经由表层土壤向深层土壤迁移过程呈现出逐步降低的趋势。

图3土壤微生物多样性（Shannon和Observed species指数）随剖面深度变化也呈现出不同的分布特征，例如CP场地中的微生物多样性在剖面各层均显著低于UCP场地。随机森林模型预测发现砷、锑浓度是影响土壤微生物多样性的最主要因素。

图4 相较于UCP场地，CP场地中许多土壤优势菌群丰度随剖面深度变化而表现出明显的差异。例如CP场地中的Chloroflexi从8.69%（浅层土）逐渐增加到42.43%（深层土），Thaumarchaeota从0.49%（浅层土）增加到20.17%（深层土）。结果表明砷、锑污染浓度对于塑造土壤各剖面的微生物群落起到了重要作用。

图5 对比不同剖面下土壤微生物的互作网络图发现，CP场地浅层的共线性网络较为稀释，但随着剖面深度增加，微生物的互作强度逐渐增加。主要的网络拓扑性质（如节点数、网络聚集性等指标）也表明CP场地各层中的微生物共线性关系均弱于UCP场地。说明砷、锑污染削弱了微生物的协同互作关系，但这种协同互作性具有一定的弹性，可随着污染程度的减弱而逐步恢复。

图6 宏基因组分析发现土壤剖面各层不同的砷、锑污染浓度，对包括rTCA、DC/4-HB等在内的多种微生物碳代谢途径都造成了不同程度的抑制，但随着剖面深度的增加，这些碳代谢基因丰度逐步增加。此外，各剖面深度下微生物的氮、硫、磷等代谢过程也不同程度地受到了砷、锑污染的影响（附录）。

图7 不同土壤剖面深度的砷、锑污染，促进了微生物的砷抗性及砷转化过程，导致arsR、arsB等编码砷循环基因的丰度明显升高。此外，arsB、ACR3、arsC等编码砷（V）还原的功能基因在CP各层中显著富集，并随剖面深度增加而逐渐下降，表明土壤微生物积极参与了砷解毒过程。此外，还发现这些参与砷（V）还原的功能基因与锑浓度存在正相关关系，推测锑的生物转化过程可由某些砷功能基因介导完成。不过当前锑功能基因研究不多，参考基因数据库有限，该假设需要进一步验证。

作者简介

徐锐：助理研究员，湖南大学与阿尔伯塔大学联合培养博士（环境工程专业），现任职广东省生态环境与土壤研究所从事博士后研究，致力于从事宏基因组学技术以及环境功能微生物学原理等研究工作。相关成果累计发表一作SCI 论文13篇，其中JCR一区12篇，总计累计他引约1700余次（H-index=21）。主持国家自然科学青年基金1项，中国博士后基金项目2项，省级科研项目1项。

孙蔚旻：研究员，广东省生态环境与土壤研究所“土壤环境创新团队”中方负责人，中组部海外高层次人才，广东省珠江人才计划青年拔尖人才，2012年毕业于密西根州立大学环境工程系，新泽西罗格斯大学博士后。主要围绕环境组学、DNA-SIP技术、重（类）金属与有机污染物的微生物代谢机制等方面开展了大量研究，相关成果已发表高水平SCI论文七十余篇，主要收录在Environmental Science & Technology（10篇），Environmental Microbiology（1篇），Environmental International (1篇)，Applied and Environmental Microbiology（6篇）等国际顶尖的环境科学和环境微生物学期刊。

论文信息：Xu, Rui; Sun, Xiaoxu; Lin, Hanzhi; Han, Feng; Xiao, Enzong; Li, Baoqin; Qiu, Lang; Song, Benru; Yang, Zhaohui; Sun, Weimin* (2020). Microbial adaptation in vertical soil profiles contaminated by antimony smelting plant. FEMS Microbiology Ecology.

全文链接： https://academic.oup.com/femsec/advance-article-abstract/doi/10.1093/femsec/fiaa188/5910484?redirectedFrom=fulltext

期刊简介

FEMS Microbiology Ecology是隶属于欧洲微生物学会联合会（Federation of European Microbiological Societies，FEMS）旗下专注于微生物生态的拳头期刊。现任主编为美国新泽西罗格斯大学杰出教授，美国微生物科学院Fellow Max Haggblom。该期刊在微生物领域的口碑较好，年发文量约200-250篇，难度较大。FEMS Microbiology Ecology研究内容主要包括土壤、水体和大气（包括极端环境）以及人工环境中的微生物生态研究，以及植物病理和医学、食品和兽医微生物的纯菌研究，涉及纯培养及非培养的细菌、古菌、丝状真菌、酵母、原生动物、蓝细菌、藻类或病毒等多类微生物。文章类型主要为Research Article和Mini Reviews，以及Perspectives, Current Opinion, Controversy Articles, Commentaries和Letters to the Editor。更多点评请参见：https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/107032033

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