欢迎点击上方蓝色”宏基因组”关注我们！
宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“宏基因组”公众号，目标为打造本领域纯干货技术及思想交流平台。
本公众号每日推送，工作日分享宏基因组领域科研思路、实验和分析技术，理论过硬实战强；周末科普和生活专栏，轻松读文看片涨姿势。目前己分享207篇原创文章，有25000+小伙伴在这里一起交流学习，感兴趣的赶快关注吧。
征稿、转载、合作
欢迎同行投稿分享对本领域科研有帮助的经验、技术和科研思路，多帮助别人，自己也更容易获得帮助。
诚邀广大同行分享成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高文章的影响和引用，宣传平台很重要。
人才是团队发展最关键因素，欢迎本领域科研院所和高校的PI在本平台免费发布招聘广告。
欢迎对本平台文章转载和进一步合作感兴趣的朋友联系我们。
后台回复“合作”，获取投稿、转载、合作相关事宜的详细说明。
文章分类导航目录
注：所有蓝字均为文章链接，点击直达原文阅读
精选文章推荐
10000+
- Nature综述：大佬手把手教你分析菌群数据
- 看完此片我想把身上的细菌寄生虫供起来
- Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少
- Nature综述：微生物构成的氮循环网络
- DNA提取也能发Nature？
- 学术论文图表基本规范大全
- 一片看懂肠道菌群在人体中的作用
- 3分和30分文章差距在哪里？
- 岛国科普—生命大跃进
- 宏基因组分析教程
- 微生物组入门必读+宏基因组实操课程
5000+
- 你想要的生信知识全在这—生信宝典
- NB：实验vs分析，谁对结果影响大
- NC：16S序列预测培养基配方
- Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生
- Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call
- 只要11天，浓度1000倍的抗生素也无效
- 35张图，看懂肠道和大脑的魔性关系
- 深度好文—我们的未来在哪里？
- 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子
- 学术图表的基本配色方法
- 手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表
- 79个超强微生物知识助你孕育超优宝宝
- 漫谈16S的前世今生
- 16S+功能预测发Sciences
- Nature综述：宏基因组关联分析
- Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
- 一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr
- Co-occurrence网络图在R中的实现
- ggbiplot-最好看的PCA图
3000+
- 一文读懂宏基因组分析套路
- 生信9天速成班—成为团队不可或缺的人
- 进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化
- 自学生信-biostar handbook
- 漱口水增加糖尿病，高血压风险
- 简单漂亮的在线生信绘图工具
- 16S预测微生物群落功能 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun
- 一文读懂微生物组
培训、会议、招聘广告
- 9月14-16日，北京，扩增子有参无参分析和功能预测
- 招募生物、医学、生信、计算机朋友加盟
- 最前沿的科学, 寻找最聪明的你—宏基因组公众号编辑招募
- 中山大学骆观正组招聘博后—生物信息与表观遗传组学
- 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组
- 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物
- 中科院深圳先进院戴磊组招聘-微生物组、蛋白质进化
- 德国马普育种所植物与微生物互作方向招收3名博士1名博后
- 宏基因组学习交流4群成立
科研经验
- 如何优雅的提问
- 公众号搜索方法大全
- 如何第一时间了解研究领域最新动态?
- 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号
- 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文
- 生信编程模板 Perl Shell R
- 生物信息之程序学习
- 手把手教你生信分析平台搭建
- 论文Figures，你不能不知道的秘密
- 原始数据极速上传NCBI SRA教程
- Endnote X8云同步：有网随时读文献
- Excel绘图新高度—EasyCharts
- 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide
- Windows10远程桌面Ubuntu
- R，Git和Github代码备份和版本管理 上 下
- 2018谷歌学术指数发布——看看综合、生物、生信、微生物领域高引文章和杂志
软件和数据库
- 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core
- 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档
- 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档
- SILVAngs:16S/18S在线分析1 2
- METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求
- 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp
- Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows
- 微生物扩增子数据库大全
- antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测
- 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet
- Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析
- FUNGuild：真菌功能注释
- 在线RaxML构建系统发育树
- KEGG在线数据库使用攻略
- 开启win10内置Linux子程序
- Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网
- Docker的基本使用-Ubuntu18.04
- SourceTracker—微生物来源分析
扩增子分析
史上最完整扩增子教程
易生信-扩增子教程
宏基因组分析
教程系列
- 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
- GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
- 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析
- 一文读懂宏基因组binning
- 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下
- 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组
有参分析
- MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成
- HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2
- 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
De novo
- 1背景知识-Shell入门与本地blast实战
- 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer
- 3组装拼接MEGAHIT和评估quast
- 4基因注释Prokka
- 5基于Kmer比较数据集sourmash
- 6不比对快速估计基因丰度Salmon
- 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
- 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin
- 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o
- 10绘制圈图-Circos安装与使用
统计分析及可视化
R统计绘图
R语言基础系列：
- 你知道R中的赋值符号箭头
<-和等号=的区别吗？ - 使用dplyr进行数据操作30例
- 交集intersect、并集union、找不同setdiff
- 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）
- 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互
- 3数据筛选——提取对象的子集
- 4向量、矩阵的数学运算
- 5控制结构
- 6函数及作用域
- 7认识循环函数lapply和sapply
- 8分解数据框split和查看对象str
- 9模拟—随机数、抽样、线性模型
ggplot2绘图基础系列：
- 1初识ggplot2绘制几何对象
- 2图层的使用—基础、加标签、注释
- 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布
- 4语法基础
- 5通过图层构建图像
- 6标度、轴和图例
- 7定位-分面和坐标系
- 8主题设置、存储导出
- 9绘图需要的数据整理技术
高级统计绘图：
- 热图绘制
- R做线性回归
- 绘图相关系数矩阵corrplot
- 相关矩阵可视化ggcorrplot
- 绘制交互式图形recharts
- 交互式可视化CanvasXpress
- 聚类分析factoextra
- LDA分析、作图及添加置信-ggord
- 解决散点图样品标签重叠ggrepel
- 添加P值或显著性标记ggpubr
- Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve
- 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化
- 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial
- 桑基图riverplot
- 微生物环境因子分析ggvegan
- 五彩进化树与热图更配ggtree
- 多元回归树分析mvpart
- 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression
- 加权基因共表达网络分析WGCNA
- circlize包绘制circos-plot
鼠标点点绘图系列
实验设计与技术
- 微生物组取样和DNA提取建议
- 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？
- 样品命名 注意事项 实例
- 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估
- 海洋可培养微生物的鉴定与分类
- 怎么取粪便样品
- 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取
- Microbiome: 室温存储样本方法比较
- Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
- 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法
- MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究
基础知识
- 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组
- Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清
- 16S测序，不知道OTU你就out了！
- 扩增子分析还聚OTU就真OUT了
- 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较
- 计量宏基因组学数据分析的方法及进展
- 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA
- Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理
- PCoA距离算法大全
- 读懂PCA和PCoA
- LEfSe分析，你真的懂了么
- 宏基因组基础知识梳理
- 功能基因多样性研究概述
- 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结
- 环境因子关联分析—CCA还是RDA
- P值背后那些事儿
- 轻松看懂机器学习十大常用算法
- 一文读懂随机森林在微生态中的应用
- 你想知道的ROC曲线
- 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson
- 肠·道 | 刘洋彧：重建肠道菌群生态网络
- 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq
必读综述
- Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
- Nat Rev Microbiol: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
- Nature综述: 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用
- Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下
- Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
- Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人
- Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组
- Cell：代谢控制中的脑肠轴
- Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？
- Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控
- Nat. Micro.: 研究微生物，只靠多组学根本不够
- COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学
- 中国微生物组计划—农作物微生物组
- Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望
- Ann. Rev.：微生物组与人
- 微生物组学与植物病害微生物防治
- 组学重建真菌现有分类系统
- BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展
- PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身
- SCLS: 中国科学7月微生物组专刊：赵立平、秦楠、东秀珠领衔
- FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化
- Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法
- Protein&Cell|解析宿主基因组和微生物的复杂互作
高分文章套路解读
- Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
- Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
- Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
- Nature：人类肠道微生物组的肠型
- Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
- Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
- Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
- Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
- Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
- Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征
- Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能
- Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因
- Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文
- Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning
- Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
- Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题
- Nat Commun：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
- Nat. Micro：植物根系分泌物影响菌群结构
- Nat. Micro：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用
- Cell Host & Microbe:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关
- GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析
- Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
- Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
- Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
- Microbiome: 简单套路发高分文章–杨树微生物组
- Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
- Microbiome：重新定义“卫生”概念
- Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度
- Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献
- Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)
- Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？
- Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？
- Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！
- Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
- Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌
- Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康
- Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌
- Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解
- PNAS：水稻微生物组
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康
- PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读
- ISME|宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物
- PLOS Biology: 发现一种固氮玉米
科普视频-寓教于乐
- BBC人体奥秘之细胞的暗战
- BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body
- NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body
- NGC子宫日记Womb
- NHK再造人类生命的神奇细胞
- CCTV9让尸体说话-法医密档
- 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病
- 致命病毒为何疯狂袭击人类？
- 土豆上的小霉菌引发百万人死亡和逃难
- 看完这些能控制大脑的寄生虫，你会怀疑人类！
- 考拉：你以为我想呆萌？幼年吃屎长大磕毒，差点就没活下来
- 漫画详解：厌氧君和好氧君，谁才是明日之子？
- 皮肤共生菌可以促进伤口愈合
- 梅毒狂想曲
- 盘尾丝虫病——河盲症
- 结核菌——抗药性的严峻形式
- 粘菌会走迷宫规划交通路线-重定义智能
- Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天
- 水痘痊愈就能终生免疫？其实病毒仍潜伏在神经
- 想更易怀孕，生更多娃？男人去打猎，女人靠蛔虫？！
- 噬菌体的前世今生
- 乙肝疫苗的故事，居然有人体实验
- 他发现了疟疾的元凶，开创了致病生物研究新时代
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
- 减肥难？别急，精准调控细菌的方法已横空出世！
- 想知道自己能不能长命百岁？窝个粑粑测个菌？
- 谁来养活中国人？他，用小麦增产千亿斤让中国成为粮食大国
- 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加
- 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”
- 感染这种随处可见的“食脑虫”，你可能必死无疑
- 吃寄生虫能治病？又来涨知识吧！
写在后面
为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外2200+科研人员加入。参与讨论，获得专业指导、问题解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职务/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。
学习16S扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”
旧文删除
- Microbiome: 16S rRNA基因拷贝数应该被校正吗？
- 怎样写出一流的论文
- 综述 | 现在是蛋白质组学数据共享和再分析的黄金时间？
- Gut: 妊娠期糖尿病与孕妇及其新生儿微生物菌群失调有关（赵方庆作品）
- 小学生都学Python了，你还不知道怎么开始
- 微生物组——扩增子分析专题培训开课啦！！！
- 3月10-19日，北京，微生物组——扩增子分析专题培训
- 2017年发展简史和十大热文盘点
- 3月24-31日，北京，如何入门生信Linux
- 中国农业大学周欣实验室招聘科研助理、技术员启事
- 中科院遗传发育所王秀杰组招聘博后、技术员
- 中科院遗传发育所田志喜组博士后招聘启事
- 生物信息9天速成班—成为团队不可或缺的人
- 2分钟视频回顾植物学家钟扬的贡献
- 转录组分析的正确姿势
- 整个世界都是你的已知条件
- 扩增子分析基础视频教程-夯实分析思路
- Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达
- psRobot：植物小RNA分析系统
- RepeatMasker：基因组重复序列注释
- 一文读懂代谢组学
- 人体对微生物的管控
- 简单读懂微生物基因组的泛基因组学
- 微生物应用|农业废弃物资源化利用
- 宏基因组学入门1初识 2进一步 3拼接
- 肠道微生物与人类密切相关的方方面面
- Nature: 测序技术的前世今生
- Nature Reviews：全新的益生元定义和范围
- 原核转录组非编码RNA研究
- SR: 真菌培养组学同揭示人类肠道真菌群落结构
- NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作
- ME：网络分析揭示微生物群落应对环境扰动的稳定性机制
- SR: 土壤细菌定量方法结合相对丰度分析揭示种群的真实变化
- 豆瓣8.9，惹哭亿万中国人的纪录片-本草中华
- 非洲诸国人人都在嚼的“小草”，还没毒死人民却将毁掉整个国家
- 它是本草纲目里的名药，也是如今让上千万人疯狂迷恋的夺命零食
- 苏联“学术神棍”的冒牌祖师，活着打脸孟德尔，死后一统苏联生物学界
- 翻开干细胞新篇章的非凡女科学家，曾两夺央视音乐大奖演绎科学艺术双螺旋
- 全城悬赏的怪虫的确可怕，但传播“新艾滋”的宣传太夸张
- MetaPhlAn2分析有参宏基因组
- 4月14-22日，北京，表观调控高通量测序分析培训开课啦
- 5月12-20日，北京，二代三代转录组测序分析实战班
- 5月11-13日，北京，中国肠道大会
- 5月19-20日，北京，数学、计算机和生物青年学者论坛
- 7月14-22日，北京，微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦！
- 梅西，你球踢得再好，也不如“发表了6篇SCI的国足武磊”
- 8月3-6日，北京，助力CNS-学术论文统计图插图绘制
- 8月8-12日，北京，Linux，R，Python，转组录组暑期黑马集训 – 低至2500每人
- 代谢组学/脂组学：短链脂肪酸分析服务
- 菌群采样神器，随时免费申领
- 2018基因组学技术与研究应用大会-8月7日-北京遗传发育所
友军文章汇总推荐
- 微生物生态精选30篇——本领域最早的中文干货
- 学习生信的系列教程——纯生信一作发IF>20的大神
生信媛公众号文章目录——美女就是受欢迎
扫一扫
2400
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
