价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

最新推荐文章于 2025-03-17 17:58:34 发布

刘永鑫Adam

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https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8728-3

《微生物组分析》第二版于2018年末更新啦！电子书价格 130.89欧元。订阅Springer的用户可直接访问DOI下载电子版。单位没有订阅的小伙伴，下载方法见文末。

https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-8728-3

本书作者

Robert G. Beiko

加拿大，达尔豪斯大学，计算机系(
Faculty of Computer Science, Dalhousie University, Halifax, NS, Canada)

你可能不记得Beiko是谁，但你一定用过它编写的微生物组分析软件STAMP

STAMP——微生物组间差异统计分析简明教程中文帮助文档

Will Hsiao

加拿大，英属哥伦比亚大学，病理与实验医学系(Department of Pathology & Laboratory Medicine, University of British Columbia,
Vancouver, BC, Canada)

John Parkinson

加拿大，儿童医院，分子医学项目(
Program in Molecular Medicine, The Hospital for Sick Children, Toronto, ON, Canada;)

加拿大，多伦多大学，生化与分子遗传系(
Department of Biochemistry and Department of Molecular Genetics, University of Toronto,
Toronto, ON, Canada)

目录导读

中文简介

描述深地表下微生物组的样式
淡水病毒组：从采样到评估
利用18S扩增子测序鉴定真核微生物组
呼吸道微生物组的培养和分子水平研究
母乳微生物群的研究方法和策略
使用选择反应监测质谱法定量海洋微生物系统中维生素B12相关蛋白
微生物暗物质的单细胞基因组学
QIIME2 分析16S rRNA基因
用微生物组助手流程处理16S rRNA基因测序数据集
微生物组分析数据的标准化
使用PICRUSt标记基因预测微生物组的功能潜能
宏基因组的组装和重叠群的分配
从转录组到生物学推断：使用宏转录组成型数据分析
基因组精度的亚采样组装和杂交核苷酸组成/宏基因组的差异覆盖度区域分箱
跨界网络：识别宿主-微生物组相互作用因果成员的系统生物学方法
在R中构建和分析微生物组网络
利用Biomico宏基因组数据中推断微生物群落结构
分析微生物组的代谢途径
利用高维宏基因组数据建立分类群鉴定的稀疏处理效应模型

看看以上内容，是不是每一条都干货满满！

1 Characterizing the Deep Terrestrial Subsurface Microbiome . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
Rebecca A. Daly, Kelly C. Wrighton, and Michael J. Wilkins
2 Freshwater Viromes: From Sampling to Evaluation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
Catherine Putonti, Zoe¨ Diener, and Siobhan C. Watkins
3 Characterization of Eukaryotic Microbiome Using 18S
Amplicon Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
Ana Popovic and John Parkinson
4 Culture and Molecular Profiling of the Respiratory Tract Microbiota. . . . . . . . . . 49
Fiona J. Whelan, Laura Rossi, Jennifer C. Stearns,
and Michael G. Surette
5 Methods and Strategies to Examine the Human Breastmilk Microbiome . . . . . . 63
Lauren LeMay-Nedjelski, Julia Copeland, Pauline W. Wang,
James Butcher, Sharon Unger, Alain Stintzi, and Deborah L. O’Connor
6 Quantification of Vitamin B12-Related Proteins in Marine
Microbial Systems Using Selected Reaction Monitoring
Mass Spectrometry . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
Erin M. Bertrand
7 Single-Cell Genomics of Microbial Dark Matter . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Christian Rinke
8 16S rRNA Gene Analysis with QIIME2 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Michael Hall and Robert G. Beiko
9 Processing a 16S rRNA Sequencing Dataset with the Microbiome
Helper Workflow. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Gavin M. Douglas, Andre´ M. Comeau, and Morgan G. I. Langille
10 Normalization of Microbiome Profiling Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 143
Paul J. McMurdie
11 Predicting the Functional Potential of the Microbiome
from Marker Genes Using PICRUSt . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 169
Gavin M. Douglas, Robert G. Beiko, and Morgan G. I. Langille
12 Metagenome Assembly and Contig Assignment . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Qingpeng Zhang
13 From RNA-seq to Biological Inference: Using Compositional
Data Analysis in Meta-Transcriptomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Jean M. Macklaim and Gregory B. Gloor
14 Subsampled Assemblies and Hybrid Nucleotide
Composition/Differential Coverage Binning for Genome-Resolved
Metagenomics. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 215
Laura A. Hug
15 Transkingdom Networks: A Systems Biology Approach to Identify
Causal Members of Host–Microbiota Interactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
Richard R. Rodrigues, Natalia Shulzhenko, and Andrey Morgun
16 Constructing and Analyzing Microbiome Networks in R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 243
Mehdi Layeghifard, David M. Hwang, and David S. Guttman
17 Bayesian Inference of Microbial Community Structure
from Metagenomic Data Using BioMiCo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267
Katherine A. Dunn, Katelyn Andrews, Rana O. Bashwih,
and Joseph P. Bielawski
18 Analyzing Metabolic Pathways in Microbiomes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 291
Mobolaji Adeolu, John Parkinson, and Xuejian Xiong
19 Sparse Treatment-Effect Model for Taxon Identification
with High-Dimensional Metagenomic Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 309
Zhenqiu Liu and Shili Lin

实战代码示例

分析代码有github链接

如：https://github.com/beiko-lab/mimb_16S

#!/bin/bash

# fetchFastq.sh must be run first!

#This command imports the FASTQ files into a QIIME artifact
qiime tools import --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' --input-path sequence_data/import_to_qiime --output-path reads

#Using DADA2 to analyze quality scores of 10 random samples
qiime demux summarize --p-n 10000 --i-data reads.qza --o-visualization qual_viz

#Denoising with DADA2. Using quality score visualizations, you can choose trunc-len-f and trunc-len-r (note: sequences < trunc-len in length are discarded!)
# The drop-off for the forward reads was not so bad, but there is a significant drop-off in quality for the reverse reads, so let's trim 10bp
qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs reads.qza --o-table table --o-representative-sequences representative_sequences --o-denoising-stats denoise_stats --p-trunc-len-f 150 --p-trunc-len-r 140 --p-trim-left-f 19 --p-trim-left-r 20 --p-n-threads 3

#This visualization shows us the sequences/sample spread
qiime feature-table summarize --i-table table.qza --o-visualization table_summary

#Filter out sequences with few samples
qiime feature-table filter-samples --i-table table.qza --p-min-frequency 5000 --o-filtered-table filtered_table

qiime feature-table summarize --i-table filtered_table.qza --o-visualization filtered_tab

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