1-2 GWAS 表型考察处理与标记开发和分型

最新推荐文章于 2024-06-11 11:28:56 发布
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该博客探讨了GWAS研究中表型鉴定的基本原则和处理，包括性状特点、表型处理与分析，以及标记开发和分型的相关内容。在水产领域的应用中，由于杂合较多，标记开发和分型不常用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

一、表型鉴定与记录的基本原则和原始数据处理

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植物GWAS 全流程
1、各类性状的特点及鉴定与考察建议
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当代形状或后代性状
2、表型的基本处理（第一步）
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表型处理
GWAS学习 | 02-表型数据清洗
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GWAS的表型数据清洗 1. 表型数据的选择 动物数据中，对于大部分性状，一个个体只有一个观测值，直接用表型值进行后续的分析即可。 对于纵向数据（比如不同胎次的产仔数，不同时期的剪毛量），对于一般的GLM模型，MLM模型，需要用平均值或者BLUE值作为表型值。 现在也有软件可以分析纵向数据的GWAS，比如宁超老师开发的软件（http://www.chaoning.org/Softwares/） 对于植物数据，特别是随机区组的数据，一年多点的数据，一个基因型ID对应多个表型值，这些表型值如何利用呢？ 用平
GWAS丨hmp文件与表型处理算法
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分析过程中，如果已经得到了hmp文件，下一步是将表型数据与hmp中的基因型数据一一对应，保证两者的样品ID信息一致，还需要对数据的格式进行规范化处理，用于后续的GWAS分析。该函数提供了一种对染色体格式的快速转换方法，可以对数字型、字符型、全称之间进行快速转换，第一个参数是原始的编号，第二个参数选择转换方式，返回值是一个新的染色体编码值。读取三个数据文件，其中第一个是染色体ID个不同格式对应信息，第二个是基因型hmp.txt文件，第三个是表型数据文件。是所有对应的表型文件。是所有匹配到的基因型文件，
小白轻松入门GWAS：从数据准备到可视化结果
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Igenebook的博客
06-11 1万+
P值（p-value）是一个重要的统计指标，用于评估某个基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNP）与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中，横轴表示基因组的染色体位置，按照染色体的顺序排列，每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组的特定位置上，单个核苷酸（A、T、C或G）发生变异，导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的，表现为离散的、可区分的类别，例如豌豆的花色或人类的血型。
GWAS - 基因型与表型的关联分析流程
upyours00的博客
06-21 1万+
这里介绍的SNP数据与单一表型的相关分析流程 一、准备plink文件 ped和map文件转换为bed、fam、bim plink --file mydata --out mydata --make-bed mydata为ped和map的文件名，不需要加后缀 make-bed表示生成plink可以处理的二进制文件 二、准备表型文件 表型文件.pheno 前两列是FID and IID，第三列是表型Phenotype。 如果准备了表型文件，那么运行plink的同时会忽略原来 .fam 里的表型。 假如有多种表
rtm-gwas-开源
04-27
7. **跨平台兼容**：从文件名“rtm-gwas-2020.1-win64”来看，此版本应该是针对Windows 64位操作系统的，但开源软件通常会提供Linux和Mac OS版本，以满足不同用户的需求。 8. **社区支持与更新**：开源项目往往有一...
launch-ukbb-gwas:在UKBB中运行GWAS
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启动ukbb-gwas 在UKBB上的远程节点上运行GWAS 默认值 等级归一化定量结果 QuantOutcomeRankNorm =假 提取无关的人 doExtractUnrel = FALSE 最小等位基因计数以过滤最终结果并绘制图 minmac = 3 最小等位基因频率以...
gwas-vcf-performance:GWAS摘要统计信息的VCF和纯文本存储格式之间的比较
05-28
VCF与纯文本GWAS存储格式 以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计...对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询 单样本-2.5M 单
matlab代码cox-gwas_pipeline:使用FaST-LMM和留一染色体连锁不平衡控制对表型数据执行GWAS的管道
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在这里，该实施方案针对在普通和重组近交小鼠品系表型（包括行为和mRNA表达（即eQTL））表型上进行的GWAS，从而将品系遗传背景作为随机效应包括在模型中。 使用FaST-LMM（因子谱变换线性混合模型；请参阅参考资料）...
GWAS：表型的标准化（the normalization of phenotype）
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06-20 936
Quantile normalization 适用于偏态分布或异常值较多的情况， Inverse rank normalization 在样本量较小时具有更高的准确性，Z-score 适用于具有不同单位或量表的表型，允许比较不同单位或量表的表型。从我查阅的文献来看，在GWAS中，使用Quantile normalization进行连续型表型标准化的比较多。
全基因组关联分析（GWAS）流程
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06-04 1741
每个地点的每份材料求一个均值，然后可用单个点的数据求blup值，也可以用三个点整合数据求blup值，用blup值当作材料的表型值进行后续分析，总之一个材料对应一个值，看自己试验需求，如果用blup值定位结果不好也可以尝试算blue值试一试。在选用GWAS模型时也是一样，可以跑一个模型也可以跑多个模型，可以用一个模型写也可以用两个模型或者更多的模型看有没有模型上共定位的位点，总之也是看哪个结果好就用哪种方法，根据自己认为好的结果再进行后续分析、验证之类的。
全基因组关联分析GWAS结果批量整理方法
青笋的博客
08-24 1345
大致思路是先读取当前目录下的文件列表，然后依次循环执行计算过程，识别表型、模型、P值等参数，然后传递给筛选函数，并对符合条件的值进行标注，最后会将结果写出为一个csv文件，用于下一步的计算。主要是对位点数据进行迭代和处理，根据位点位置以及预设的窗口大小，识别和处理相邻的位点之间的关系，最终将处理后的信息存储在不同变量中。主要的思路是对每一个位点，计算其前后相邻位点的距离，针对开头和结尾进行特殊考虑，中间的位点识别其是否相邻距离小于阈值。检查atom中的部分数量是否为5，如果是，进入下一步。
全基因组关联分析（GWAS）常见问题（工具，概念，脚本）
super_he_pi的博客
08-02 9950
转自：https://blog.csdn.net/weixin_34409703/article/details/86399803 vcftools plink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递不平衡检验，多点连锁分析，单倍体关联分析，拷贝数变异分析，Meta分析等等。 首先必须了解plink的三种格式：bed、fam和b...
笔记 GWAS 操作流程2-1：缺失质控
邓飞----育种数据分析之放飞自我
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GWAS分析时，拿到基因型数据，拿到表型数据，要首先做以下几点： 1， 查看自己的表型数据，是否有问题 2，查看自己的基因型数据，是否有问题 然后再进行建模，得到显著性SNP以及可视化结果。 清洗数据的时间占80%的时间，有句话这样讲：“Garbage in, Garbage out（垃圾进，垃圾出）”，所以清洗数据非常重要，今天学习一下基因组数据如何清洗。 1. plink数据转化 数据使用...
【生信】全基因组关联分析（GWAS）原理
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【生信】全基因组关联分析（GWAS） 1.前提知识介绍 1.1 最小二乘法 1.2 GWAS的数学原理 1.3 Hardy-Weinberg定律&卡方检验 1.4 连锁不平衡 1.5 曼哈顿图 1.6 箱式图Box-plot 1.7 QQ plot 2、GWAS的定义 2.1 几个需要知道的概念： 2.2全基因组关联分析 3、GWAS——数据预处理 3.1质控的原因： 3.2基因型数据的质控： 3.4表型数据质控： 3.5正负链翻转 3.6 基因型填补 3.7群体分层校
个人学习_GWAS数据分析 （一）_数据格式处理+提交plink命令
Yujia's Blog
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1、列表包括数据库名称、表型、是否能下载到基因型（genotype）、是否能下载到GWAS结果文件（P值、效应值、SNP位点）。目前收集到的有如下： 参考到这些数据库的文献：Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment 2、The Japanese Genot...
统计遗传学：第四章，GWAS分析
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大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。第一章：基因组基础概念（这部分介绍过了，点击进入）第二章：统计分析概念第三章：群体遗传学第四章：GWAS分析介绍第五章：多基因效应第六章：基因与环境互作随着基因分型技术的发展、成本的降低和先进数据分析方法的发展，遗传关联研究的设计在过去几十年中发生了巨大的变化。...
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