GWAS理论 1-3 群体结构与亲缘关系评估

最新推荐文章于 2023-01-21 11:48:19 发布
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版权

一. 群体结构评估

1.群体结构
群体结构

群体结构评估内容

  1. 构建系统发育树
  2. 群体结构分析
  3. PCA（主成分分析）
群体结构评估的主要内容
a.系统发育树
系统发育树重构

一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就是针对 NJ 法构树的。
系统发育树相关介绍

b.群体结构分析
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【全基因组关联分析GWAS专题1】——群体结构
muhamuha2020的博客
10-25 1099
一. GWAS与群体结构 （1）群体遗传结构：群体水平大尺度遗传差异，亚群水平等位基因频率差异，不同祖先来源，个体间亲缘关系，家系等不同的群体结构。 图1 群体结构类型 （2）群体结构对GWAS的影响：GWAS的研究对象包括自然群体、种质资源，半同胞家系，混合家系，MAGIC/NAM家系等。自然群体内性状变异和遗传变异丰富，群体内积累许多重组和突变信息，使用GWAS定位的分辨率大大提高；使用人工设计群体进行GWAS一方面降低群体内分化情况，另一方面避免稀有等位变异的丢失。但是，GWAS分析时也存在困难，每
【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因
dibiao4034的博客
12-09 1083
Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志：nature biotechnology影响因子：41.514发表时间：2...
使用SNP数据计算IBD、PCA、系统树鉴别亲缘关系
qq_43206685的博客
08-17 9969
分析步骤，有可能有错误，希望指正小故事数据预处理计算IBD计算pca系统发育树计算SNP分布情况。后记 小故事 接到的小任务，对于大佬们来说可能不难，对于新手，却是要抓破脑袋。 两个养殖户的牛群跑到一个山头，牛群混了，有一头小牛不知道是谁家的，都坚称是自己的。他们自己掏钱找公司分别测序了两头母牛和小牛，数据送到导师手里。 数据预处理 1.得到的fastq文件，首先去除质量低的位点（QC）。 软件：NGSQCToolkit 2.序列比对，sentieon生成sort.bam，sambamba建立索引。 软件：
笔记 GWAS 操作流程2-6：去掉亲缘关系近的个体
邓飞----育种数据分析之放飞自我
04-28 3557
这里，我们要对一些亲子关系的个体，进行一下过滤，计算类似IBS的结果。 1. 计算pihat > 0.2的组合 plink --bfile HapMap_3_r3_10 --genome --min 0.2 --out pihat_min0.2 说明文档： --genome invokes an IBS/IBD computation, and then writes a report ...
2020.10.26【GWAS】丨Admixture群体结构分析detected that all genotypes are missing for a SNP locus解决办法
10-26 2815
群体遗传结构(Structure)指遗传变异在物种或群体中的一种非随机分布。按照地理分布或其他标准可将一个群体分为若干亚群，处于同一亚群内的不同个体亲缘关系较高，而亚群与亚群之间则亲缘关系稍远。群体结构分析有助于理解进化过程，并且可以通过基因型和表型的关联研究确定个体所属的亚群。 一般进行群体分析所使用的软件为STRUCTURE，但是STRUCTURE的运行速度较慢，如今Admixture凭借其高速的运算速度逐渐成为群体遗传结构分析的主流软件。目前市面上看到的官方下载网站已经停止维护，我这里有个低版...
TASSEL5进行GWAS中亲缘关系的估计
沉香best的博客
01-21 449
设置最小等位基因频率为0.05，复选Remove minor SNP states选项。点击Filter，产生过滤后文件。导入基因型文件mdp_genotype，点击Filter选项，选择Sites。也可以对过滤后的基因型文件进行Impute（填充），再用于进行亲缘关系的估计。选择过滤后的基因型文件，点击Analysis-Kinship选项。点击OK选项，产生亲缘关系矩阵文件。
关于NJtree的个人总结
小八四爱吃甜食的博客
04-02 2718
关于NJtree的个人总结NJtree产生步骤NJtree产生之tassel到MegaNJtree美化NJtree基因顺序的提取 NJtree产生步骤 NJtree产生之tassel到Mega 首先我们手上是vcf文件，可以通过hapmap文件等格式转化。详见GWAS（1）——文件格式及linux上的转换。 使用如下命令，将vcf文件转为phylip(Interleaved)格式。当然，这个也可以在Windows的tassel软件上操作。 run_pipeline.pl -Xmx50G -plink -pe
二代测序群体进化-GWAS分析及案例解析
点滴生信的博客
03-07 9968
群体进化-gwas分析 群体进化基础分析 PCA 分析原理 PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，是一种使用最广泛的数据降维算法。PCA的主要思想是将n维特征映射到k维上，这k维是全新的正交特征也被称为主成分，是在原有n维特征的基础上重新构造出来的k维特征。PCA的工作就是从原始的空间中顺序地找一组相互正交的坐标轴，新的坐标轴的选择与数据本身是密...
gwas-vcf-performance:GWAS摘要统计信息的VCF和纯文本存储格式之间的比较
05-28
VCF与纯文本GWAS存储格式 以纯文本/表格文本和VCF查询GWAS摘要统计...对数据进行二次采样，准备多样本GWAS-VCF，并记录预期的输出结果，以便与命令行工具进行比较 RSID查询性能 rsID上的性能查询 单样本-2.5M 单
Python库 | naga_gwas-0.4.1.post1-py3-none-any.whl
04-01
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：naga_gwas-0.4.1.post1-py3-none-any.whl 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
浅谈系统发育分析及进化树制作.ppt
02-03
系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物间的这种亲缘关系。
rtm-gwas-开源
04-27
用于种质种群和植物育种研究的创新GWAS程序
launch-ukbb-gwas:在UKBB中运行GWAS
03-30
启动ukbb-gwas 在UKBB上的远程节点上运行GWAS 默认值 等级归一化定量结果 QuantOutcomeRankNorm =假 提取无关的人 doExtractUnrel = FALSE 最小等位基因计数以过滤最终结果并绘制图 minmac = 3 最小等位基因频率以...
系统发育树
Christina
06-29 2万+
转自公众号：微生物生态 系统发育树（Phylogenetic tree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。 1.系统发育树构建步骤 2.多序列比对 系统发育树构建的第一步是进行多序列比对，常用的软件包括MEGA， cluster X，Muscle，phylip等。（都很常用，就看哪个顺手） MEGA是最常用的比对建树软件，优点是可视化图形界面，简单方便；缺点是比对速度慢，输出格式单一。 Cluste...
群体进化，群体结构分析之STRUCTURE分析三款软件比较
点滴生信的博客
05-16 5310
STRUCTURE分析三款软件比较 三篇高引用文章 2005-STRUCTURE【1】 把选k值写的很清楚 2020/5/16 引用13119 这篇文章发表的时候二代测序还没兴起，ssr等的标记数量有限，计算机的性能也有限，是一个即有windows版又有linux版的软件 因为其开发时的应用场景，这个软件在几千以内的标记时运行还是可以接受的，但是现在动辄几百万标记的全基因组重测序的动植物数据来说，时间消耗是非常巨大的 这篇文章的正文详细讨论了最优k值的选择的问题，感觉这个还是很有用的 最优
PLINK-GWAS学习7------数据质控之亲缘关系质控
sweet_yemen的博客
08-24 1969
相关性：一对个体的遗传相关性强度。传统的GWAS假设所有的受试者都是不相关的，即没有一对个体比二级亲属关系更密切（三代内）。如果没有适当的校正，包含亲属可能会导致对SNP效应大小的标准误差的估计有偏差。...
K-means聚类最优k值的选取
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qq_15738501的博客
01-11 8万+
       最近做了一个数据挖掘的项目，挖掘过程中用到了K-means聚类方法，但是由于根据行业经验确定的聚类数过多并且并不一定是我们获取到数据的真实聚类数，所以，我们希望能从数据自身出发去确定真实的聚类数，也就是对数据而言的最佳聚类数。为此，我查阅了大量资料和博客资源，总结出主流的确定聚类数k的方法有以下两类。1.手肘法1.1 理论手肘法的核心指标是SSE(sum of the squared...
K-means中K值的选取
Dan的专栏
08-28 3万+
以下博文转自：https://blog.csdn.net/qq_15738501/article/details/79036255  感谢   最近做了一个数据挖掘的项目，挖掘过程中用到了K-means聚类方法，但是由于根据行业经验确定的聚类数过多并且并不一定是我们获取到数据的真实聚类数，所以，我们希望能从数据自身出发去确定真实的聚类数，也就是对数据而言的最佳聚类数。为此，我查阅了大量资料和博...
数据库管理工具:dbeaver-ce-23.1.5-macos-aarch64.dmg
最新发布
06-16
1.DBeaver是一款通用数据库工具，专为开发人员和数据库管理员设计。 2.DBeaver支持多种数据库系统，包括但不限于MySQL、PostgreSQL、Oracle、DB2、MSSQL、Sybase、Mimer、HSQLDB、Derby、SQLite等，几乎涵盖了市场上所有的主流数据库。 3.支持的操作系统：包括Windows（2000/XP/2003/Vista/7/10/11）、Linux、Mac OS、Solaris、AIX、HPUX等。 4.主要特性： 数据库管理：支持数据库元数据浏览、元数据编辑（包括表、列、键、索引等）、SQL语句和脚本的执行、数据导入导出等。 用户界面：提供图形界面来查看数据库结构、执行SQL查询和脚本、浏览和导出数据，以及处理BLOB/CLOB数据等。用户界面设计简洁明了，易于使用。 高级功能：除了基本的数据库管理功能外，DBeaver还提供了一些高级功能，如数据库版本控制（可与Git、SVN等版本控制系统集成）、数据分析和可视化工具（如图表、统计信息和数据报告）、SQL代码自动补全等。
gwas脚本
06-02
GWAS（全基因组关联分析）是一种用于研究基因与表型之间关系的方法。在进行GWAS之前，需要进行数据清洗、质控、基因型分型和表型数据收集等工作。在数据准备好后，可以使用一些开源软件和脚本进行GWAS分析，如PLINK、GEMMA、EIGENSOFT等。 以下是一个基于PLINK软件的GWAS分析脚本示例： ``` # 数据清洗和质控 plink --file mydata --geno 0.05 --maf 0.01 --hwe 1e-6 --mind 0.05 --out mydata_filtered # 进行基因型和表型数据的关联分析 plink --file mydata_filtered --assoc --adjust --out mydata_assoc # 进行基因型和表型数据的线性回归分析 plink --file mydata_filtered --linear --pheno myphenotype.txt --covar mycovariate.txt --out mydata_linear # 进行基因型和表型数据的logistic回归分析 plink --file mydata_filtered --logistic --pheno myphenotype.txt --covar mycovariate.txt --out mydata_logistic ``` 以上脚本中，`mydata`是输入的原始数据，`mydata_filtered`是清洗和质控后的数据，`mydata_assoc`是进行关联分析后的结果，`mydata_linear`和`mydata_logistic`分别是进行线性回归和logistic回归分析后的结果。在运行脚本前需要保证PLINK软件已经安装并配置好环境变量。

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