安装clusterProfiler包报错object ‘get_fun_from_pkg‘ not found的解决方案

最新推荐文章于 2024-05-25 12:30:00 发布

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原文链接：https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/16017953.html

文章标签：

#conda #r语言 #linux

在Linux环境中使用R语言安装clusterProfiler包时遇到错误`object'get_fun_from_pkg' not found`。该问题可能由于rvcheck版本过旧导致。解决方案包括：一是通过源代码重新安装rvcheck，然后移除并重新安装clusterProfiler；二是利用conda环境安装clusterProfiler。参考提供的链接可以解决此问题。

R version 4.0.5

在linux中安装R包 BiocManager::install("clusterProfiler")，报错如下：

Error in get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) : 
  object 'get_fun_from_pkg' not found
Error: unable to load R code in package ‘clusterProfiler’
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘clusterProfiler’

解决

原因是rvcheck版本太旧。

一：我们可以重新安装rvcheck

packageurl <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/rvcheck/rvcheck_0.1.8.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
remove.packages("clusterProfiler")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")

二：也可以直接通过conda安装clusterProfiler包：

conda install -c bioconda bioconductor-clusterprofiler

参考：【R报错】解决Linux下安装clusterProfiler：object 'get_fun_from_pkg' not found - Bioinfarmer - 博客园 (cnblogs.com)

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pnpm i报错ERR_PNPM_NO_PKG_MANIFEST

05-09

<think>好的，用户遇到了pnpm i报错ERR_PNPM_NO_PKG_MANIFEST的问题，需要解决。首先，我要回想一下这个错误的常见原因。根据之前的引用，用户提到过npm audit fix的问题，其中涉及到缺少package.json文件，所以可能类似，pnpm也需要这个文件。 ERR_PNPM_NO_PKG_MANIFEST通常意味着pnpm在当前目录或上级目录中找不到package.json文件。所以第一步应该检查当前目录是否存在package.json。如果没有，用户可能需要初始化一个，比如用pnpm init或者pnpm init -y来快速生成。然后，用户可能是在错误目录下运行命令，比如不在项目根目录，或者目录结构有问题。这时候需要确认路径是否正确。另外，如果是monorepo项目，可能需要检查工作区配置，比如pnpm-workspace.yaml是否存在，并且配置正确。引用中的第二个引用提到pnpm的monorepo支持，所以用户可能是在monorepo环境下操作，需要确认子包是否有自己的package.json。接下来，可能的解决步骤包括生成package.json、检查目录结构、配置workspace，以及处理缓存问题。比如运行pnpm init创建文件，或者调整目录结构，确保在正确的位置执行命令。如果是monorepo，检查pnpm-workspace.yaml里的内容是否包含正确的子目录。此外，用户之前提到过用npm i --yes生成package.json，类似地，pnpm可能需要同样的操作。还有可能需要清除缓存，比如pnpm store prune，虽然这个不一定相关，但有时候缓存问题会导致奇怪错误。最后，需要提醒用户常见错误场景，比如在空目录直接安装，或者monorepo配置错误。如果用户按照步骤操作后仍然有问题，可能需要更详细的日志来进一步诊断。</think>### 解决方案：pnpm i 报错 ERR_PNPM_NO_PKG_MANIFEST #### 1. 问题原因分析该错误表示**当前目录或父级目录中缺少 `package.json` 文件**，常见于以下场景： - 未初始化项目时直接安装依赖 - 项目路径错误或文件结构被破坏 - 在 monorepo 项目中未正确配置工作区（pnpm-workspace.yaml）[^2] #### 2. 分步解决方案 **步骤 1：生成 package.json 文件** ```bash # 快速生成默认配置（推荐） pnpm init -y # 或手动交互式生成 pnpm init ``` **步骤 2：检查目录结构** ```bash # 确认当前路径包含 package.json ls -a | grep package.json # 若在子目录中操作，需返回项目根目录 cd /your/project/root ``` **步骤 3：配置 monorepo 工作区（仅限多包仓库）** 在项目根目录创建 `pnpm-workspace.yaml`： ```yaml packages: - 'packages/*' # 根据实际子项目路径调整 ``` **步骤 4：清除缓存重试** ```bash pnpm store prune # 清理无效缓存 pnpm i # 重新安装 ``` #### 3. 验证操作 ```bash # 查看生成的 package.json cat package.json # 典型成功输出应包含基础配置 { "name": "your-project", "version": "1.0.0", "dependencies": {} } ``` #### 4. 常见错误场景 - **空目录直接安装**：未初始化项目时需先执行 `pnpm init` - **monorepo 子包未声明**：需确保子包的 `package.json` 存在且名称符合工作区配置[^2] - **路径嵌套错误**：在包含 `node_modules` 的父目录中操作可能引发路径冲突