深度学习用于提高对药物-药物相互作用和药物-食物相互作用的预测
论文题目 | Deep learning improves prediction of drug–drug and drug–food interactions |
---|---|
论文出自 | PNAS,2018 |
一、研究背景?
之前方法:基于结构和其他相似性或药物靶标关联的方法开发了各种计算方法。
局限性:可以预测成对给定药物之间相互作用的概率,但没有在药理作用方面对 DDI 提供具体描述。
DeepDDI模型
输入:药物-药物或药物-食品成分对的名称及其结构信息
输出:生成 关于86 种重要的 DDI 类型的可读句子
DeepDDI 可以在服用某些药物时提供有关药物处方甚至饮食建议的重要信息,以及药物开发过程中的指南。
二、模型设计?
DeepDDI由两部分组成:
a. 结构相似谱(Structural similarity profile)SSP;(SSP就是通过计算药物和药物化学结构的相似性后得到的一个向