Gromacs——教程学习之RMSD和RMSF(3)

7. RMSD VS RMSF

RMSD，Root Mean Square Deviation，均方根偏差；
RMSF，Root Mean Square Fluctuation，均方根波动。
在轨迹分析中，最经常用，最简单，也最有用的就是这两巨头，二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。其实差别就在于，这个“均值”是哪个物理量按照什么的平均。

举例子，现在跑了1ns的轨迹，2fs保存一帧，一共50w帧。假设以初始结构为参考构象，则RMSD曲线就是需要遍历计算50w帧结构与参考构象的RMSD值（当然你也可以减小帧数），然后将每一帧的RMSD连起来的结果。其中，轨迹中某一帧相对于参考构象的RMSD的计算方法如下：
计算RMSD的时候，公式如下：

δi就是某一帧的第i个原子的位置减去参考构象中它的位置（位置偏移量），然后取所有原子的偏移量的平方和，然后对原子数N取平均，然后开方，就是这一帧结构相对于参考构象的RMSD。