生物信息神奇网站系列(十七):Bioconductor Workflows

bioconductor是R语言一种重要的项目,是专门利用R处理生物数据,类似于biopython与bioperl等,不过Bioconductor功能更加强大,不只是辅助处理一些生物数据。而是有些生物数据可以完成一整套分析内容,例如芯片数据和RNAseq数据等。Bioconductor分成独立的软件算法,实验数据,注释三部分,这三部分可以组合起来,完成一个完整的数据分析过程,不过Bioconductor的扩展包很多,学习难度较大,不过里面提供了很多完整的workflows,利用workflows学习起来更容易。
十七:Bioconductor Workflows

http://www.bioconductor.org/help/workflows/

1、打开Bioconductor workflows网址,这些workflows会按照功能分成8个大类,根据自己数据分析类型,选择对应的链接,例如是基因表达数据还是单细胞数据。

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2、一般最常用的是基因表达,基因表达其实包括芯片和RNAseq,其实Bioconductor最早就是用来分析芯片数据的,因为R擅长处理矩阵,而芯片数据恰好就是“矩阵”。

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