不会编程，如何进行批量操作

想要批量完成工作，又不想学习编程怎么办，其中一个好办法就是花钱找人帮忙，谈钱伤感情，那还是学习一些技能吧，下面介绍不会编程如何进行批量操作。

通配符“*”
通配符是批量操作中最重要的内容，通配符代表任何数据的内容，例如想要查看#

#显示出当前目录下所有以.fq.gz结尾的文件，就可以使用通配符
ls -1 *.fq.gz

#删除当前目录下所有以.log结尾的文件
rm -rf *.log
管道符“|”
管道操作符是批量操作中另一个比较重要的符号，管道的作用顾名思义，它是用来改变数据流的方向，默认数据流方向为屏幕输出，而管道的作用是将数据流导入另外的程序，作为它的输入文件。

#搜索当前目录下所有一点fna结尾的文件，然后删除掉。
find ./ -name *.fna | xargs rm

#搜索当前目录下所有一点fna结尾的文件，然后打包压缩。
find ./ -name “*.fna” | xargs tar -zcf genome.tar.gz
sed
sed作为流文本处理器，可以用于批量替换，可以用于批量修改文件中的内容。

$ grep “>” K12.ffn | head -3

gi|556503834|ref|NC_000913.3|:4636007-4636696 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
gi|556503834|ref|NC_000913.3|:4636696-4638120 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome
gi|556503834|ref|NC_000913.3|:4638178-4639530 Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome

#删除掉Escherichia coli 以及后面所有内容
$ grep “>” K12.ffn |sed -e ‘s/ .*//g’ |head -3 # 注意其中空格

gi|556503834|ref|NC_000913.3|:190-255
gi|556503834|ref|NC_000913.3|:337-2799
gi|556503834|ref|NC_000913.3|:2801-3733
awk批量生成脚本
awk是Linux下强大的文本处理工具，本身也是一门编程语言，awk可以批量生成脚本。现有5个样品，每个样品有两个测序文件，_1.fq.gz与_2.fq.gz,需要进行同样的处理，需要批量生成脚本，每个脚本只有样品名部分不同，类似与word中的邮件合并功能。

$ ls -1 *.fq.gz |sed ‘N;s/\n/ /g’ |awk ‘{print "fastqc -f fastq -o result " $1,$2}’
fastqc -f fastq -o result a_1.fq.gz a_2.fq.gz
fastqc -f fastq -o result b_1.fq.gz b_2.fq.gz
fastqc -f fastq -o result c_1.fq.gz c_2.fq.gz
fastqc -f fastq -o result d_1.fq.gz d_2.fq.gz
fastqc -f fastq -o result e_1.fq.gz e_2.fq.gz
for循环
这里for循环已经属于编程的内容了，要想进行批量操作，最好还是学编程。从NCBI下载nt库包含67个文件，每个文件配有一个md5校验文件，现在需要利用md5sum对每个文件进行校验；

#使用awk对当前目录下所有tar.gz文件生成校验脚本
$ ls -1 *.gz.md5 |wc
67 67 1139
$ for i in *.gz.md5;do md5sum -c $i; done;
nt.00.tar.gz: OK
nt.01.tar.gz: OK
nt.02.tar.gz: OK
---------- END ----------
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