生物信息本质上是利用生物软件处理生物数据,不过在执行的过程中就变成了各种文件格式的相互转换。有生物信息学家开玩笑说自己每天的工作就是文本格式转换,其实是这样的,例如常见的从qseq到fastq,从fastq到bam,从bam到vcf等。所以,了解生物数据的文件格式很重要,这里UCSC给出了一个页面,里面包含了常见各种生物数据格式解析。
五:文件格式解析
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1
1、里面包含了常用的各种文件格式解析。
2、常用的有bam,vcf,bed,gtf等,每一种表示不同的生物数据类型。
3、虽然没有给出最基础的fastq和fasta,其实在页面最下面给出了链接,点解链接可以里了解。
4、bed文件详细给出了每一列所代表的含义,并且有案例,bed文件主要用来标注基因组上各种元件的坐标信息,外显子测序和RNAse