lammps分子动力学模拟技术与应用专题

LAMMPS 是一款经典的分子动力学软件，免费开源，可以模拟液态、固态或气态的粒子的系综。目前 LAMMPS 计算主要应用于：（1）研究金属材料的力学性能，LAMMPS 可以模拟金属材料的塑性变形和断裂行为，从而研究金属材料的力学性能。（2）研究高分子材料的分子构象，LAMMPS 可以模拟高分子材料的分子构象和分子运动，从而研究高分子材料的结构和性能。（3）研究物理化学过程，LAMMPS 可以模拟一系列物理化学过程，如膜分离、电化学反应、催化反应等。同时lammps 代码可以修改和扩展，可以方便的为之扩展上新特征和功能来匹配课题的个性化需求。

LAMMPS 分子动力学模拟技术与应用

LAMMPS基础入门

1 LAMMPS 的基础入门 —— 初识 LAMMPS 是什么 ？ 能干什么 ？ 怎么用 ？

1.1 LAMMPS在win10和ubuntu系统的安装及使用

1.2 in文件结构格式

1.3 in文件基本语法：结合实例，讲解in文件常用命令

1.4 data文件格式

1.5 LAMMPS常见错误解决途径

  实例操作： 实例操作：运行并理解跟自己科研方向相近的例子。

LAMMPS 进阶（ 石墨烯、 金属材料 模拟专题 ）

2 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率

  实例操作： 实例操作：

2.1 把剪切模型转换成拉伸模型

2.2 lattice命令石墨烯、金属、合金、高熵合金不同形状模型

2.3 石墨烯( 不同力场)、金属、合金、高熵合金等 拉伸剪切力学性质模拟

LAMMPS 进阶（纳米流体 模拟专题 ）

3 LAMMPS 进阶实例操作 ，理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模型，举一反三提高学习效率

  实例操作： 实例操作：

3.1 把二维couette和poiseuille流动扩展成三维模型

3.2 建立三维管道内的poiseuille流动

3.3 进行石墨烯通道内的Couette流动和Poiseuille流动模拟

3.4 调节通道表面电荷性质、亲疏水性质，分析其对流动性质的影响

3.5 学习使用packmol，建立复杂混合溶液体系模型

3.6 模拟KCl等盐溶液的纳米流体流动

LAMMPS 进阶（热传导模拟专题）

4 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理意义 —— 从简单例子走向文献模型 ， 举一反三提高学习效率

实例操作：

4.1 理解导热系数意义

4.2 掌握lammps计算导热系数的几种方法

4.3 碳纳米管等导热系数的模拟计算

LAMMPS 进阶（多成分体系 模拟专题 ）

5 LAMMPS 进阶实例操作， 理解模拟对象的物理 意义 —— 从简单例子走向文献模型 ， 举一反三提高学习效率

  实例操作： 实例操作：

5.1 金属、合金、高熵合金的摩擦模拟

5.2 材料切削模拟

5.3 夹层结构(graphene/C60/graphene)在不同粗糙度条件下的摩擦模拟

LAMMPS 进阶（金属、半导体材料的辐照模拟）

6 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟

6.1 建立模拟体系的初始模型

6.2 PKA动能、位移随时间变化

6.3 点缺陷结构可视化

6.4 点缺陷的数量随时间变化

6.5 点缺陷的空间分布及演化过程

LAMMPS 高级（ 自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型）

7 LAMMPS 分子力场文件创建及 MOFs 材料建模

7.1 介绍固体材料单晶包试验数据结构，掌握基本的材料几何特征

7.2 利用MS软件构建MOFs材料单晶包模型和H2和CO2分子模型

7.3 讲解分子作用势能函数，学习编写MS软件中的力场参数文件（off文件）

7.4 简单介绍巨正则系综Monte Carlo方法

7.5 利用Sorption模块将H2和CO2分子插入到MOFs材料

7.6 编写LAMMPS力场文件（frc文件），并通过lammps程序生成data文件

7.7 运行能量最小化及体系的预松弛

7.8 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

  实例操作：金属有机框架（ 实例操作：金属有机框架（ MOFs ）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，分子的 MSD

LAMMPS 高级（分子筛纳米膜分离 H2/CO2 混合气体模拟）

8 研究 H2/CO2 在Z Z IF- -7 7 膜材料中分离性能 —— 模拟文献 Science 346 (6215),1356- - 1359 的分离过程

8.1 利用MS软件构建ZIF-7膜材料单晶包

8.2 设计H2/CO2与ZIF-7体系模型

8.3 自定义分子力场文件（frc文件），通过lammps程序生成data文件

8.4 运行能量最小化及体系的预松弛

8.5 模拟步骤：包括能量最小化NVT平衡，对研究目标的性质进行长时间轨迹平衡-输出研究所关心的性质。

实例操作： VMD 中查看可视化的动态轨迹，计算密度分布，分子的 MSD 等，抽取轨迹的动能、势能、总能量等相关数据，对轨迹进行初步分析。