![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756925.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
细菌
文章平均质量分 88
穆易青
心之所向,行之所为
展开
-
2023.07.26【微生物】|qiime2组间分析,ANCOM算法介绍与结果解读
在使用qiime2进行16S/ITS分析的时候,少不了对样品进行组间分析。除了常见的PicRust和Lefse分析之外,qiime2自带了ANCOM分析。不过这个大家并不是很熟悉,网上对ANCOM的结果也没有非常详尽的介绍。因此我根据查阅的文献资料,整理出这篇文章。希望对使用qiime2分析微生物有需求的小伙伴提供一些帮助。原创 2023-07-26 17:04:45 · 1764 阅读 · 2 评论 -
2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列
文章目录摘要工具与方法操作方法step.1 构建参考基因组数据库step.2 比对序列step.3 获取query_idstep.4 获取比对序列结果展示摘要很久没有整理工作笔记了,一方面个人有些倦怠,另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人,我也不例外。趁着今天项目不多,记录一下最近的解决方案。上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行物种注释都找到了客户的预期物种。然后客户希望通过测序数据组装出一套基因组。要求是组装出来的contig必须是都比原创 2022-03-24 15:19:36 · 4308 阅读 · 0 评论 -
2020.12.02丨使用dfast工具进行细菌基因组注释
接到一个项目,需要对一个2代细菌全基因组数据进行组装和注释,网上给到了2个软件,Prokka和dfast。我优先安装下载的Prokka,无奈在环境配置上一直没有处理好,查过一些问题后发现可能需要对perl降低版本到5.22,另一个是对Bioperl的安装配置。弄了两天感觉时间成本比较高,转过来尝试使用dfast,虽然过程中也出现不少问题,但最终还是完成了注释过程。接下来就进行一个梳理。 使用软件:dfast 安装方式: 源码下载:DFAST-core (nig.ac.jp) conda安装:cond原创 2020-12-02 11:27:01 · 1945 阅读 · 0 评论 -
2020.11.30【读书笔记】丨在本地运行NCBI细菌基因组注释工具(PGAP)
Annotation in the biological analysis workflow importance of gene annotation in whole-genome analyses PGAP in brief automated pipeline Protein-coding gene prediction protein homology Ab initio calls Hidden Markov Model non-coding原创 2020-11-30 16:08:06 · 2040 阅读 · 0 评论 -
2020.09.15丨细菌&真菌基因组测序原理
细菌基因组测序原理 细菌定义: 属于原核生物,无核膜、DNA裸露,分真细菌和古细菌两大类的微生物。是在自然界分布最广、个体数量最多的有机体,是大自然物质循环的主要参与者。 细菌基因组特点: 基因组:一般在0.16- 13Mb,大部分在5M左右; 编码序列:占总长度的90%,基因平均大小为 1kb; 结构特点:多为一条环状闭合双链DNA,无内含子 细菌基因组产品类型、 产品列表Pacbio 准确率较高,成本高 ONT测序平台通量高,成本低(混样建库加Barcode:原创 2020-09-15 16:57:40 · 10544 阅读 · 0 评论 -
2020.9.9丨细菌基因组学的技术原理、研究应用与热点
本次课程内容为欧易生物线上公开课内容,现讲主讲内容笔记进行一个梳理总结细菌全基因组简介 1.1细菌与科学研究 研究对象:病原菌、环境细菌、工业菌 研究方向: 细菌全基因组研究 定义:对细菌所有基因进行核苷酸测序,了解个体的基因结构基础,研究单个基因或多个基因的作用、功能以及他们间的相互作用 研究内容和相应分析: 结构基因组学 :基因组序列的测定 功能基因组学:基因组的注释 比较基因组学:基因组功能研究 1.2细原创 2020-09-09 15:18:32 · 2088 阅读 · 0 评论 -
2020.9.9丨微生物多样性、宏基因组测序原理
微生物多样性测序原理及案例解析 研究对象 人类:口腔、皮肤、粪便、肠道... 动物:瘤胃、肠道… 植物:菌根、内生菌... 历代测序原理 一代测序 双脱氧链终止法 正常的DNA碱基是四种脱氧核糖核苷酸(dNTP),如果将这个碱基稍加改造,将一个-OH的氧去除,变成-CH2,就变成了一个双脱氧的核糖核苷酸(ddNTP)。在DNA合成的过程中加上这个ddNTP,由于ddNTP无法和下一个碱基链接,DNA链将无法继续延伸。 缺点:成本高、通量低原创 2020-09-09 11:41:42 · 7844 阅读 · 0 评论 -
2020.8.25丨微生物基因组重测序流程梳理
微生物基因组重测序流程产品概述基本概念产品优势研究内容分析流程图数据产出及处理测序质量报告标准信息分析初级组装及评价比较基因组分析SNPCalling计算统计SNV的等位基因频率在全基因组上的分布分析对象包括全新预测的SNP,indel,large deletion, 以及外显子SNP在每个等位基因频率类别下的数目比率(fraction)。计算SNP,Deletion,以及Insertion 大小分布。InDel检测及在基因组的分布:CNV拷贝数变异与SV结构变异检测及在基因组中的分布:变异类型注释(发生区原创 2020-08-25 14:41:56 · 4158 阅读 · 0 评论