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组装
文章平均质量分 78
穆易青
用大模型思维颠覆传统学习生信路径
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2022.03.24【基因组组装】|获取比对到参考基因组的contig序列
文章目录摘要工具与方法操作方法step.1 构建参考基因组数据库step.2 比对序列step.3 获取query_idstep.4 获取比对序列结果展示摘要很久没有整理工作笔记了,一方面个人有些倦怠,另一方面国内国际发生的事都牵动着许多人,我也不例外。趁着今天项目不多,记录一下最近的解决方案。上周遇到一个想检测测序样品中是否包含预期的细菌物种。使用nr数据库比对以及metaphlan3进行物种注释都找到了客户的预期物种。然后客户希望通过测序数据组装出一套基因组。要求是组装出来的contig必须是都比原创 2022-03-24 15:19:36 · 4467 阅读 · 0 评论 -
2021.07.20丨PGAP安装及使用说明
目录摘要安装工具操作命令结果展示总结摘要在去年就有接触过PGAP,他是NCBI上的基因组注释工具,去年我也学习过官方的教学视频,做了读书笔记。但是并没有进行实际操作。直到最近要开始进行3代的基因组组装注释分析了,才发现操作中有很多问题需要解决。在此,特地记录一下PGAP的使用方法。安装工具下载链接:PGAP解压安装包:tar -xvf pgap-2021-07-01.build5508.tar.gz解压之后会有两个文件夹,一个是input-2021-07-01.build5508,另一个是p原创 2021-07-20 12:26:24 · 4246 阅读 · 7 评论 -
2021.3.17丨致病菌毒力因子(VFDB)数据库注释
摘要 接到一个常规细菌的组装注释项目,不过客户提出想要获取关于组装结果与病毒之间的联系/按之前的操作,dfast没有病毒相关的数据库,无法满足客户需求。一番查阅,发现大家用这个VFDB数据库进行常规的病毒注释,下面将介绍一下使用该数据库进行注释的过程。由于比对工具diamond之前没有介绍过,此次也将一并介绍。 介绍 DIAMOND简介 DIAMOND是用于蛋白质和翻译DNA的搜索序列比对工具,旨在用于大序列数据的高性能分析。 主要功能包括: BLAST以100x-10,000x的速原创 2021-03-17 23:41:49 · 20803 阅读 · 2 评论 -
2021.02.23丨Virsorter2安装使用及答疑
最近项目比较多,又在学英语,写文章的时间少了很多。最近接到一个病毒组装的项目。用之前组装工具(ABYSS、SPAdes)都没有能够组装较为完整的scafford,今天介绍一款专门用于组装病毒的工具——Virsorter。 Virsorter最早版本发布于2015年,目前已经有了第二个版本。主要用于病毒的组装的注释。详细情况可以查看文章:https://peerj.com/articles/985/ 安装流程 安装文档: https://github.com/jiarong/VirSorter2/b原创 2021-02-23 16:46:16 · 4362 阅读 · 4 评论 -
2021.02.03丨quast报错module ‘cgi‘ has no attribute ‘escape‘解决办法
最近采购了新服务器,在上面第一次跑组装,按正常流程要进行组装评估,在使用quast的过程中发生了报错,报错如下:抓重点,问题在于cgi.escape,里面其实有提示,‘html’:cgi.escape,解决方法:根据报错路径,找到最后一个报错文件/home/yangxin/miniconda3/lib/python3.8/site-packages/quast-5.0.2-py3.8.egg/quast_libs/site_packages/jsontemplate/jsontemplat原创 2021-02-03 17:00:55 · 3090 阅读 · 0 评论 -
2020.12.10【读书笔记】丨基因组De novo 产品介绍
基因组De novo 简介 基因组 定义:基因组就是物种所含有的一套遗传物质 单倍体 细胞核、 细胞器所 含的全部 DNA 分子),包括全套基因和间隔序列。 基因组观察维度 基因组测序 基因组测序( Genome Sequencing) 利用测序技术对物种的体内的所有 DNA 分子进行测序,获取碱基组成明确出基因的结构信息,外显子及内含子区域、启动子位置,以及基因的排列顺序及功能。 基因组测序技术 二代测序:基于 BGI 平台的边合成边测序; 三代测序:基原创 2020-12-10 15:23:56 · 1301 阅读 · 0 评论 -
2020.12.02丨使用dfast工具进行细菌基因组注释
接到一个项目,需要对一个2代细菌全基因组数据进行组装和注释,网上给到了2个软件,Prokka和dfast。我优先安装下载的Prokka,无奈在环境配置上一直没有处理好,查过一些问题后发现可能需要对perl降低版本到5.22,另一个是对Bioperl的安装配置。弄了两天感觉时间成本比较高,转过来尝试使用dfast,虽然过程中也出现不少问题,但最终还是完成了注释过程。接下来就进行一个梳理。 使用软件:dfast 安装方式: 源码下载:DFAST-core (nig.ac.jp) conda安装:cond原创 2020-12-02 11:27:01 · 1984 阅读 · 0 评论 -
2020.11.26丨sam转换bam格式报错parse error at line 1解决办法
今天照常进行比对工作,涉及到某一个样品需要比对,于是将.sh文件里的脚本直接复制粘贴出来,去掉了循环开始跑,结果是没问题的,但是在下一步使用samtools进行转换的时候发生了报错 parse error at line 1 truncated file. 网上查了一下,发现是bwa可能存在安装问题,不能使用nohup进行运行。参考链接:sam转bam文件报错 - 简书 (jianshu.com) 取消nohup之后,正常运行...原创 2020-11-26 15:50:09 · 4987 阅读 · 1 评论 -
2020.08.18【转载】丨叶绿体基因组二代测序组装经验分享
叶绿体基因组二代测序组装(个人经验分享)前段时间,有老师咨询我关于叶绿体基因组组装的问题,虽然本人不才,但也很热心地帮了个忙。虽说中间出了一些小意外,唉唉算了还是不提了。在这里顺便就个人常用的叶绿体基因组组装思路和方法(基于二代测序),给大家作个分享。叶绿体基因组本身不大(平均不到200kb),所以使用二代测序,在高深度测序模式下,配合一个有效的参考基因组,理论上足以组装出一条完整的环状序列出来(10个里面9个可以吧)。当然,只单纯地通过组装软件自动拼接基本上是不可能实现的(主要是IR区的问题.转载 2020-08-18 16:49:01 · 20705 阅读 · 8 评论 -
2020.10.13丨Blast本地比对及可视化
这次接到一个客户的需求,他自己组装了一个大肠杆菌的序列(之前客户用它比对,所以简称A基因组),并且想用这个基因组对几个样品进行比对和注释,但注释结果不太好,所以问我们能不能比对用这个客户组装的基因组,注释用NCBI上的标准的参考基因组(B基因组)的注释文件。 我的第一反应就是不行,即使物种类似,不同基因组肯定在长度、位置上有差异,导致注释信息不匹配。本来都打算直接用B基因组给客户从比对开始做。但领导提醒我,开始之前还是需要先回复客户,得到客户的意见反馈后再开始。如何给客户回答这个问题,就是我本次的工作。原创 2020-10-13 10:53:37 · 6133 阅读 · 0 评论 -
2020.9.4丨三代测序的基本原理、组装方法和应用场景
三代测序的基本原理、组装方法和应用场景PB/Nanopore测序原理及优缺点介绍 PB:光信号,荧光基团结合碱基测序 Nanopore:电信号 优点 无GC偏好性 缺点 错误率较高 有效孔只有三分之一 三代测序组装方法 参考文献:Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data原创 2020-09-04 11:44:15 · 1577 阅读 · 0 评论 -
2020.8.5丨细菌基因组二代测序组装流程梳理
应老板要求,重复一个之前由其他团队完成的质粒组装项目,为之后内部消化项目打下基础。研究了几天,昨天把结果提交上去还算满意,故特此整理。原创 2020-08-05 11:35:58 · 5445 阅读 · 9 评论 -
2020.7.30丨Linux CentOS安装Abyss全流程(最新)
Abyss安装前需要安装依赖包1.gcc(CentOS默认安装):使用gcc -v查阅版本,有anaconda可以直接conda install gcc2.open MPI-4.0.4:https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.4.tar.bz2open MPI-4.0.4:https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.4.tar.原创 2020-07-31 09:44:19 · 1457 阅读 · 0 评论