三代
文章平均质量分 89
穆易青
用大模型思维颠覆传统学习生信路径
展开
-
2024.09.07【读书笔记】| SMRTLink工具对PB组装疑难解答
在使用SMRT Link的pb_assembly_hifi命令进行组装分析时,可以参考以下步骤和信息:使用命令查看该工作流的详细信息。这将帮助你了解所需的输入参数和可选输入参数。根据工作流的要求,你需要准备相应的输入文件。例如,对于单样本基因组组装,需要CCS(连续测序)的fastq文件路径作为输入。SMRT Link提供了多种组装工具,如Canu、Flye等。你可以根据具体需求选择合适的工具进行组装。原创 2024-09-07 15:36:42 · 780 阅读 · 0 评论 -
2024.09.06【读书笔记】|如何使用 SMRTLink工具对PacBio数据进行细菌基因组组装
SMRT Link 提供了一整套的分析工具,用于处理 PacBio 测序数据。这些工具包括用于数据质量控制、比对,甲基化分析,组装、变异检测和基因表达分析等。参考指南中进行阅读。:用于生成去 novo 组装的细菌基因组。:用于分析小的细菌基因组和质粒。本人第一次组装之后,发现常规命令除了进行组装分析外,还提供motifs和modification analysis,当然这会增加项目整体运行时间(一个样品大概11h)。这部分额外的注释分析可以通过和设置取消后面的步骤。原创 2024-09-07 12:21:58 · 1221 阅读 · 0 评论 -
2024.09.04【读书笔记】|如何使用Tombo进行Nanopore Direct RNA-seq(DRS)分析
首先,需要将原始的纳米孔读取数据(FAST5文件)转换为参考序列对齐的信号。这一步是Tombo分析的第一步,称为“重抖动”(re-squiggle),即将原始纳米孔读取转换为参考序列对齐的信号。可以通过Conda安装Tombo,这是推荐的安装方法。tombo run --input input FAST5文件路径 --output output 输出文件路径 --model model 模型名称其中,input参数指定输入的FAST5文件路径,output参数指定输出文件路径,model。原创 2024-09-04 11:42:07 · 1331 阅读 · 0 评论 -
2021-10-27【WGS】丨Pacbio三代甲基化修饰流程
目录摘要方法与工具操作流程组装比对注释结果展示basemodsmotif总结摘要前段时间特别忙,一个是项目多,另一个是个人私事,临近月底终于有空可以继续码文章。本篇介绍的是三代甲基化的基本流程分析。在测序时分析序列的甲基化修饰后,使用SMRT官方工具进行分析,得到m4C,m6A,m5C_TET的注释。方法与工具测序仪器:Pacbio分析工具:组装:Canu;flye比对:pbmm2;samtools(SMRTlink自带)注释:ipdSummary,motifmaker(SMRTlink自原创 2021-10-27 17:27:24 · 3157 阅读 · 2 评论 -
2021.07.20丨PGAP安装及使用说明
目录摘要安装工具操作命令结果展示总结摘要在去年就有接触过PGAP,他是NCBI上的基因组注释工具,去年我也学习过官方的教学视频,做了读书笔记。但是并没有进行实际操作。直到最近要开始进行3代的基因组组装注释分析了,才发现操作中有很多问题需要解决。在此,特地记录一下PGAP的使用方法。安装工具下载链接:PGAP解压安装包:tar -xvf pgap-2021-07-01.build5508.tar.gz解压之后会有两个文件夹,一个是input-2021-07-01.build5508,另一个是p原创 2021-07-20 12:26:24 · 4360 阅读 · 7 评论 -
2020.12.03丨全长转录组之基因和转录本鉴定
折叠转录本 分析目的:基于基因组比对结果,将相似的多转录本折叠成单个转录本(去冗余) PacBio分析软件: TAMA:https://github.com/GenomeRIK/tama TAMA简介 TAMA(T ranscriptome A nnotation by M odular A lgorithms 是一款设计用于处理 Iso Seq 数据和其他长 reads 转录本数据,该软件 2019 年 在预印本在线期刊( bioRxiv )发表 。 Illuminati原创 2020-12-03 16:06:23 · 4799 阅读 · 0 评论 -
2020.11.17【读书笔记】丨ONT 测序平台送样指导——DNA 取样要求
送样原则 安全 1. 人身安全:现有实验条件下(采取一定防护后),样品对实验人员本身无伤害; 2. 环境安全:样品对室内、室外环境无影响(以免因为不小心导致一些活体样本进入外界环境造成不良影响); 无污染 任何样品除本样品外不得有其他样品的污染, 植物样本不得有其它植物的污染,不得有病害,不得有虫害 全血样品不得引入取血物种本身携带的病菌、病毒等潜在污染 依据理论和实践 “理论”:基于各种实验原理的理论依据; “实践”:基于 BMK 本身积累的多物.原创 2020-11-17 09:21:06 · 1826 阅读 · 0 评论 -
2020.11.11丨三代细菌甲基化流程调研
pipeline Figure pipeline Figure http://blog.sina.com.cn/s/blog_12b14648e0102vetw.html http://www.biomarker.com.cn/technology-services/medicine-ont-methylation step.1 quality control fastQC step.2trim trim-.原创 2020-11-11 09:09:38 · 518 阅读 · 0 评论 -
2020.10.08丨全长转录组之参考基因组比对
比对软件介绍 目的:定位Iso-Seq分析得到的全长转录本在基因组中的位置,从而得到转录本结构和可变剪切等信息。 推荐比对软件:GMAP,minimap2,deSALT 参考网址:https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki/Best-practice-for-aligning-Iso-Seq-toreference-genome:-minimap2,-deSALT,-GMAP,-STAR,-BLAT GMAP GMAP(a Genomic M原创 2020-10-25 22:26:07 · 5240 阅读 · 0 评论 -
2020.10.25丨全长转录组结构分析之可变剪切、lncRNA预测
可变剪切分析 定义:可变剪接(Alternative Splicing,AS)是一个过程,即某些基因的一个mRNA前体通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程称为可变剪接(或选择性剪接) 常用软件 Asprofile:https://ccb.jhu.edu/software/ASprofile/ASprofile.tar.gz Astalavista:http://astalavista.sammeth.net/ 4种可变剪切类型 在线分析流.原创 2020-10-25 22:24:19 · 6969 阅读 · 4 评论 -
2020.10.14丨ISO-Seq分析
Sequel II 平台介绍 零模波导孔(ZMW):是Sequel II平台的最小测序单元,每个SMRT cell包含800万个零模波导孔。测序时,落入孔中的序列会被反复读取,每读取1次得到1条subread,即一个ZMW中的所有subreads来源于同一条转录本 subread(子序列): 是ploymerase read去掉接头(adapter)后的序列。每个ploymerase read可以分割成一个或多个子序列(subread),图中共有3条subreads,其中full passes的subr原创 2020-10-14 14:10:35 · 5978 阅读 · 2 评论