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Chip-seq
穆易青
用大模型思维颠覆传统学习生信路径
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2020.9.17丨Chip-seq结果可视化之peak检测(下)
这一部分是使用deeptools对样品进行相关性分析以及主成分分析,同时从peak中去挖掘motif。我使用的工具是MEME-ChIP,MEME是一个工具系列,挖掘motif的工具比较丰富,MEME、DREME、TomTom、MEME-ChIP,其中MEME-ChIP可以同时调用其他几个工具进行综合分析,比较方便。 deeptools是一个很好用的深度分析工具,中文版使用手册可以让你快速上手(虽然翻译有些直,但竟然看得懂!)。在进行相关性分析和主成分分析之前,需要对样品数据进行一个综合统计,deeptoo原创 2020-09-17 16:19:56 · 3654 阅读 · 0 评论 -
2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测(上)
macs2运行参数 macs2 callpeak -t K1_ChIPed_S1_L007_R1.bam -c K1_Input_S5_L007_R1.bam -f BAM -g mm -n K1 -B -q 0.01 -t -c 实验组和对照组结果 -f 输入文件格式 -g 参考基因组有效大小,人类选择hs,也可以根据基因组大小直接输入数值 -n 输出前缀 -B 输出bdg格式文件,可以上传到UCSC生成峰图 -q q值,默认0.05 -p p值,未校正值 导入到R中原创 2020-09-15 09:55:48 · 3664 阅读 · 0 评论