1.SRR数据解压
SRR数据有时候解压出来就一个fastq文件,但是在geo上看原始数据是提供了I1,R1,R2文件的
解压命令如下:
fasterq-dump --split-files --threads 128 --outdir /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357 /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357
解决办法:换解压命令
/home/yangys/pfastq-dump/bin/pfastq-dump --threads 96 --split-files --outdir /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/SRR8712357 /home/yangys/data/healthy_pbmc/SRR/SRR8712357.sra
有时候--split-files参数也会有影响,可以和--split-3换着测试一下
2.cellranger count报错
解决办法:加上--chemistry=***参数,具体得看数据介绍去确定参数
3.GEO上提供的Original format是bam文件
解决办法:下载bam文件然后用cellranger bamtofastq命令解压
cellranger bamtofastq --nthreads 96 --traceback /home/yangys/data/healthy_pbmc/SRR/SRR17296837.bam /home/yangys/data/healthy_pbmc/fastq/test