Cellranger故障排除

Cellranger 运行不久,即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”

然后终止。

考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象,故排查:

文件没有问题。

查阅相关信息发现,此阶段主要是在调用参考基因组,因此检查了一下参考基因组,发现数据缺失了几兆。

重新改过命令即正常。

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