Cellranger 运行不久,即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”
然后终止。
考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象,故排查:
文件没有问题。
查阅相关信息发现,此阶段主要是在调用参考基因组,因此检查了一下参考基因组,发现数据缺失了几兆。
重新改过命令即正常。
Cellranger 运行不久,即出现“[runtime] (failed) ID.***.SC_RNA_COUNTER_CS.SC_RNA_COUNTER.CHEMISTRY_DETECTOR.DETECT_CHEMISTRY”
然后终止。
考虑到前不久刚正常运行过的文件也出现此现象,故排查:
文件没有问题。
查阅相关信息发现,此阶段主要是在调用参考基因组,因此检查了一下参考基因组,发现数据缺失了几兆。
重新改过命令即正常。