rmats应该使用哪一个gtf呢

安装好ramts后，在丝滑运行可变剪切代码时，还需要下载一个用于gene annotation的文件。以genecode中的鼠鼠为例，那么多gtf，应该用哪一个呢？

经过鸭鸭考证原作者github给出的例子，推荐使用第三个content为comprehensive gene annotation， regions是pri的，description包含chromosome和scaffolds的这个gtf。使用下载下来的gtf文件应后缀为*.primary_assembly.annotation.gtf.gz

温馨提示1，记得解压使用喔~

温馨提示2，前期fastq到bam这一步使用的gtf应该也是同一个喔~

感兴趣的可以去原作者给出的star index链接看一下~

Index of /shares/gingeraslab/www-data/dobin/STAR

希望以上的攻略对正在看博客的你有所帮助，不再迷惑，花费许多时间去找攻略~

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