【无标题】python脚本实现Vina等软件对接亲和力结果分析

提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档

---

前言

提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：

分子对接是CADD中较为常见的手段，随着高通量筛选等批量对接手段的逐渐成熟，脚本化的后处理手段可有效的降低工作量、提高工作效率。

---

提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考

一、Vina是什么？

Vina是一种广泛使用的分子对接程序，用于预测小分子与蛋白质之间的互作方式和亲和力。Vina采用的是基于贪心算法和多尺度的搜索方法，可以在较短的时间内处理大型分子库，并寻找最优的配对。Vina还可以通过优化分子的能量，预测小分子和蛋白质之间的互作模式和亲和力。

Vina是开源的软件，由于其高效和准确性，已成为许多分子模拟和药物设计项目中常用的工具之一。Vina还具有易于使用和自定义参数的优点，使其在药物研究领域中得到广泛应用。

此外在Vina的基础上也衍生出Smina、watvina等优秀的二次开发软件。

二、使用步骤

1.Vina输出文件介绍

输出文件如下（示例）：

MODEL 1
REMARK VINA RESULT:   -8.4      1.1      3.7
REMARK  Name = Molecule A
ATOM      1  C   UNK     1       3.739  -1.380   4.168  1.00  0.00           C
ATOM      2  C   UNK     1       5.116  -1.542   4.906  1.00  0.00           C
ATOM      3  O   UNK     1       5.368  -2.212   5.909  1.00  0.00           O
ATOM      4  C   UNK     1       6.420  -0.500   4.439  1.00  0.00           C
ATOM      5  N   UNK     1       6.057   0.807   4.021  1.00  0.00           N
ATOM      6  C   UNK     1       4.821   1.102   4.468  1.00  0.00           C
ATOM      7  O   UNK     1       3.917   0.289   3.926  1.00  0.00           O
ATOM      8  C   UNK     1       2.738   0.794   4.538  1.00  0.00           C
TER
MODEL 2
REMARK VINA RESULT

2.读入数据

代码如下（示例）：

with open('output.pdbqt', 'r') as f:
    lines = f.readlines()
    for line in lines:
        if line.startswith('REMARK VINA RESULT:'):
            affinity = float(line.split()[3])
            print('Affinity:', affinity)

该处打印对接预测Affinity供后续使用

---

总结

无，有需求评论区见，后续会更新！