from vina import Vina
v = Vina(sf_name= 'vina')
v .set_receptor( ' 1iep_receptor .pdbqt')
v .set_ligand_from_file( ' 1iep_ligand .pdbqt')
v .compute_vina_maps(center= [15.190 , 53.903 , 16.917], box_size= [20 , 20 , 20])
# Score the current pose
本文介绍了一个在Linux环境下使用Python脚本运行Vina分子对接的实例。脚本涉及设置受体和配体文件，计算Vina映射，打分，局部最小化以及对接操作。Vina在没有初始化配体时会为所有定义的原子类型计算亲和力地图，适用于批量对接。脚本还展示了如何获取和打印分子构象的得分，以及保存最小化后的构象和对接结果。
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
844
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
