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最新推荐文章于 2025-04-26 09:57:48 发布
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分类专栏： Pymol&VMD 文章标签： pymol
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本文介绍了如何使用PyMOL进行高级结构图绘制，包括cartoon模式的运用和深度定制，同时涵盖了VMD中的原子选择语句和元素着色方法，帮助读者提升绘图技能和理解分子结构。

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PyMOL必备绘图技巧
如何用Pymol做出那些美呆的结构图（基础篇）
如何用Pymol做出那些美呆的结构图（晋级篇）
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Pymol高级作图技巧汇总
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VMD里原子选择语句的语法和例子
详谈VMD中的原子选择方法
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VMD中原子编号显示与化学键
VMD 教程
vmd软件使用
VMD的相关命令（转载
VMD原子选择
VMD里原子选择语句的语法和例子
VMD设置主链颜色
在VMD中使用GaussView的元素着色的方法
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法

pymol开源安装.rar
11-15
本指南将详细介绍如何安装开源版的PyMOL，并讨论相关的依赖包。 一、PyMOL开源安装步骤 1. 下载源码：首先，你需要访问PyMOL的官方网站或者其开源版本的GitHub仓库，下载最新的源代码。确保选择与你的操作系统兼容...
在Linux上安装和使用免费版本的PyMol
Dechin的博客
06-26 3941
技术背景 PyMol是一个类似于VMD的分子可视化工具，也是在PyQt的基础上开发的。但是由于其商业化运营，软件分为了教育版、开源版和商业版三个版本。其中教育版会有水印，商业版要收费，但是官方不提供开源版本的安装方法。按照参考链接1的内容，可以在Windows系统上面安装一个开源版本的PyMol，但是该发行版只有Windows平台的编译包。所以如果需要在Linux上安装PyMol，就只能在Git...
【生物信息学】蛋白质结构预测与可视化方法，VMD的使用入门教程
qq_43337249的博客
02-22 9541
今天是2022年2月22日，正月二十二星期二，在这百年最有“爱”的日子，继续前一问题的探讨。 场景1： A同学想要从对蛋白结构影响的角度说明 自己发现 的 患者（病人）携带的DNAH1 突变（如 p.Val131Ala）对蛋白结构的影响，通过SWISS-Model自己构建了 正常情况下的蛋白结构，又同时构建了突变情况下的蛋白结构，如何对它们进行展示 以用于文章中的图呢？ 文章中关于这个结果的描述：in silico analysis The location of the two variants is
Pymol（1.8.6）作图技巧之创建质心
DrugAI
08-17 1万+
Pymol1.8.6创建质心技巧，图文并茂！
VMD-Python 项目教程
gitblog_00263的博客
10-11 700
VMD-Python 项目教程 vmd-python Installable VMD as a python module 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vm/vmd-python ...
Amber学习记录--VMD可视化amber轨迹
handsome213的博客
09-14 654
接第一天的学习，今天对肽段MD后的轨迹进行分析，主要用到WSL的VMD可视化界面，关于如何在WSL中使用VMD可视化界面，参考。注：此时有可能报错problem reading crd file，是因为轨迹文件是netcdf，解决办法参见。加载文件. 然后选择Amber参数和拓扑文件。加载文件. 选择Amber轨迹文件。2 可视化肽段的轨迹。. 将文件类型设置为。. 将文件类型设置为。该图为不显示水的肽段。
PyMOL 1.2.1：分子结构探索与可视化软件
weixin_28939623的博客
04-26 678
PyMOL是一个开源的分子图形系统，特别擅长于三维分子结构的可视化展示。它由Warren Lyford DeLano开发，并在2002年开源发布。该软件广泛应用于科研、教育以及工业领域，尤其在生物学、化学和药物设计中发挥重要作用。PyMOL可以通过它的Python接口模块pymol.py与Python脚本进行交互。该模块提供了直接访问PyMOL内部功能的接口，允许用户利用Python的高级编程能力来控制PyMOL环境。
PyMOL操作手册
itwangyang520的博客
11-29 6607
虽然 PyMOL 中提供了多种颜色可供选择，有关 PyMOL 中的各种颜色，可在以下链接进行查看：很多时候我们需要设置自定义的颜色，只需要提供颜色的 RGB 代码即可。用法为：比如我们自定义一个“color1”，之后就可以直接使用该颜色进行着色：现在我们就可以直接应用自定义的颜色了，如：蛋白二级结构主要通过主链几何结构和氢键模式来确定的，PyMOL 默认使用 DSSP 算法分配二级结构类型。
分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果
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用ds、pymol、vmd的是干嘛的
04-27
Pymol是一种分子可视化软件，可以用来进行蛋白质、核酸等生物分子的可视化和分析；VMD（Visual Molecular Dynamics）是一种分子动力学模拟和可视化软件，可以用来进行生物分子的分子动力学模拟和分子可视化。
结构比对和分析工具PyMOL、Chimera、VMD测定酶遗传性的具体方法
07-17
结构比对和分析工具PyMOL、Chimera和VMD可以用于研究酶的遗传性。下面是使用这些工具进行酶遗传性分析的具体方法： 1. PyMOL：PyMOL是一款用于分子可视化和结构分析的软件，常用于酶结构的可视化和比对。使用PyMOL...
Gromacs模拟结果可视化教程：使用VMD和PyMOL展现模拟之美
[Gromacs模拟结果可视化教程：使用VMD和PyMOL展现模拟之美](https://www.color-hex.com/palettes/1014052.png) 参考资源链接：[Gromacs模拟教程：从pdb到gro，top文件生成及初步模拟]...
实训商业源码-单个商品销售系统源码-毕业设计.zip
05-09
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基于KEALC编程的变压器智能温度监控系统设计与实现
最新发布
05-09
内容概要：本文详细介绍了基于KEALC编程的变压器温度实时检测与报警系统的开发过程。系统采用51单片机为核心控制器，利用DS18B20传感器测量变压器顶层油温和绕组温度，并通过LCD显示屏实时显示温度值。当温度超过设定阈值时，系统将触发报警机制，包括点亮LED灯和启动蜂鸣器。若温度达到危险水平，则自动切断继电器进行保护。文中还讨论了Proteus仿真的具体步骤、Altium Designer (AD)绘制电路图的注意事项以及实际部署中的优化措施。此外，文章强调了温度阈值的可配置性和防误报的设计思路。 适合人群：具有一定电子电路和嵌入式系统基础知识的技术人员，特别是从事电力设备维护和自动化控制系统开发的专业人士。 使用场景及目标：适用于需要对变压器温度进行精确监控的应用场合，确保变压器安全稳定运行，预防因温度过高引发的安全事故。目标是提供一种高效可靠的温度监控解决方案，保障电力设备的长期可靠运行。 其他说明：文中提供的代码片段展示了关键的报警逻辑和温度采集算法，有助于读者理解和实现类似项目。同时，文中提到的实际部署经验和优化建议对于提高系统的稳定性和可靠性具有重要指导意义。
nacos-server-2.2.2.tar包及使用
05-09
环境准备：Nacos 依赖 Java 环境运行，需确保安装了 64 位 JDK 1.8+。 解压安装包：在 Linux 系统中，使用命令 tar -zxvf nacos-server-2.2.2.tar.gz 解压到指定目录，如 /usr/local/nacos
Advanced RF Board Skills in ADS.pdf
05-09
Advanced RF Board Skills in ADS
你好你好是多少多少多少多少多少
05-09
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地球物理勘探基于MATLAB的射线追踪算法实现：地质结构正向建模与数据保存系统设计
05-09
内容概要：本文档主要描述了一个基于MATLAB的射线追踪实验流程。首先定义了射线追踪结果的输出文件名为'synthetic_rays.mat'，并加载了必要的观测点几何数据和正向模型数据。接着设置了射线追踪的相关参数，包括标志位、步长以及最大追踪步数等。然后通过调用mFAST_raytracing函数执行射线追踪操作，获取计算时间、成功索引和射线轨迹等结果。最后将射线追踪结果保存为.mat文件，并将射线传播时间分别保存为.mat文件和文本文件。; 适合人群：具备一定MATLAB基础，从事地质勘探、地球物理等相关领域的科研人员或学生。; 使用场景及目标：①进行地下结构成像研究；②模拟地震波传播路径；③验证正向模型准确性。; 阅读建议：此文档详细记录了射线追踪实验的具体步骤，在阅读时应重点关注参数设置部分，并结合实际应用场景调整相关参数值，同时注意保存结果的不同格式以满足不同需求。
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