Hungarian算法

匈牙利算法（Hungarian algorithm）是一种解决最优匹配问题的经典算法，也称为匹配算法。它可以用来找到两组元素之间的最佳对应关系，通常在计算机科学中用于解决指派问题（assignment problem）。

在使用匈牙利算法进行两个结构中原子顺序的修正时，可以将每个结构中的原子看作是一个集合，并将其中一个结构的原子作为行，另一个结构的原子作为列，构建一个代价矩阵，代表不同原子之间的匹配代价。然后，通过匈牙利算法找到最小代价的匹配，从而确定两个结构中原子的对应关系。

匈牙利算法的时间复杂度是 O(n^3)，其中 n 是集合中元素的数量。尽管在实践中，对于较大规模的问题，可能会使用一些优化版本的匈牙利算法来提高效率。

总的来说，匈牙利算法是一种强大的工具，用于解决最优匹配问题，可以在结构比较和分析中帮助确定两个结构之间的最佳原子对应关系，从而进行准确的RMSD计算。