含共晶配体蛋白与小分子的分子对接（Vina）

1. 前言

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（DOCK Vina）】方案和相关小工具，实现含共晶配体的蛋白与小分子的对接计算。

2. 流程图

3. 结构信息

受体蛋白：人Serine/threonine-protein kinase B-raf蛋白，uniprot AC号：P15056，PDB编号：5ITA

配体：有机小分子a和b

4. 平台操作步骤

4.1 准备结构

4.1.1 准备受体三维结构

用途

处理受体蛋白PDB结构：修复残基、添加氢原子、分离受体和配体（若有）、剔除多余结构（如：水分子、助溶剂）。

步骤

1. 打开殷赋云平台（殷赋云 - 科研计算快易准)【处理PDB结构】小工具；

2. 输入PDB编号5ITA，点击【确定】；

   

3. 删除多余结构（水分子），保留蛋白和共晶配体；

   该晶体结构为同源二聚体，含有A、B两条链，各包含一个共晶配体。我们保留A链受体蛋白和配体，删除B链结构和所有水分子，如下图所示。

1. 点击【准备】，下载受体和共晶配体文件。

   receptor.pdb为受体文件

   6DC801.mol2为共晶配体文件，该共晶配体文件包含口袋位点信息，可用于定义对接口袋。

4.1.2 准备配体三维结构

用途

为化合物添加氢原子、偏电荷（partial charge）、生成良好的3D结构，为后续模拟计算提供初始结构。

步骤

1. 打开殷赋云平台【准备化合物结构】小工具；

2. 绘制化学结构或上传分子文件；

   

3. 勾选【质子化/去质子化】，点击【准备】，下载文件。

   • 用于分子对接时，一般要勾选【质子化/去质子化】；
   • 建议更改文件名为有意义的名称。

4.2 对接计算

1. 打开殷赋云平台【蛋白/核酸/多肽-小分子对接（Vina）】大方案，创建任务，进入提交任务页面；

2. 上传受体和配体结构文件；

   

3. 上传共晶配体文件，点击【显示盒子】；

   • 使用【准备受体三维结构】步骤中生成的包含口袋位点信息的共晶配体文件定义对接口袋
   • 该步骤的目的是告知程序在受体中哪个区域进行分子对接。
   • 稍等片刻，即返回盒子中心、盒子大小数据和图形。
   • 若盒子大小不合适，可调整盒子边缘，再次点击【显示盒子】。

   

4. 设置计算模式，【提交】任务。

   除非你知道为何选择其他模式，否则一律采用柔性配体对接模式。

   

4.3 结果分析

1. 待任务完成，点击【查看】，进入分析页面；

   

2. 查看对接打分，下载scores.csv文件；

   Affinity：对接打分，数值越小，结合力越强，因此，Pose 1总是最强的；
   RMSD_ub：RMSD上限，将一个构象中的每个原子与另一个构象中的自身匹配，忽略任何对
   称性，不用于打分分析；
   RMSD_Ib：RMSD下限，将一个构象中的每个原子与另一个构象中同元素类型最接近的原子
   相匹配，不用于打分分析。

   

   评价对接打分的经验法则（rule of thumb）：

   • Grid Score > -40 kcal/mol，结合力较差；
   • -70 kcal/mol < Grid Score <= -40 kcal/mol，结合力中等；
   • Grid Score <= -70 kcal/mol结合力较强。

   注意：上述法则并非绝对，应以实验结果为准。

3. 查看相互作用，调整视图，点击【截图】下载图片；

   • 一般选取符合预期（比如与某些关键氨基酸有作用）的或者含有极性作用（氢键、盐桥）较多的结果；更多详细分析，请参考《文献重现》的第7点；
   • 右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象；
   • 建议下载无标签图片（点击【残基标签】隐藏之），再用PhotoShop加上标签。

   

4. 若有需要，提取对接构象，合成复合物结构。