众所周知的是DrugBank数据库有两个主要辅助角色:
①临床导向的药品知识。DrugBank提供关于药品靶点和药物作用的生物或生理结果的详细、最新、定量分析或分子量的信息。
②化学导向的药品数据库。提供计算机检索药物、药物“复原”、计算机检索药物结构数据、药物对接或筛选、药物代谢预测、药物靶点预测功能。
DrugBank数据库的历史与发展
DrugBank,一个综合性的药物数据库,由加拿大阿尔伯塔大学的David Wishart博士于2006年在实验室中创立。起初,DrugBank旨在为学术研究人员提供药物的详细结构化信息。2011年,DrugBank成为代谢组学创新中心(TMIC)的一部分,并在2015年分拆为OMx Personal Health Analytics Inc.。DrugBank项目得到了加拿大卫生研究院、Alberta Innovates - Health Solutions以及TMIC的资助。TMIC是由Genome Alberta、Genome British Columbia和Genome Canada共同资助的非营利组织,致力于推动加拿大的基因组学研究。
图源:drugbank
DrugBank数据库历史版本
DrugBank自2006年发布第一个版本以来,已经经历了多次更新和扩展。第一个版本包含了841种FDA批准的小分子药物和113种生物技术药物的信息,以及2133个药物靶点。随后的版本不断增加新的药物、靶点和数据类型,如撤回药物、非法药物、食物-药物和药物-药物相互作用以及ADMET参数等。DrugBank Online的最新版本(5.1.12,发布于2024年3月14日)包含了16,618个药物条目,其中包括2,780种已获批准的小分子药物、1,626种已获批准的生物制剂、135种保健食品以及超过6,723种实验性药物。此外,5,294个非冗余蛋白质序列与这些药物条目相关联。每个条目包含200多个数据字段,覆盖药物/化学数据和药物靶标或蛋白质数据。
图源:drugbank
DrugBank数据库开源与下载
DrugBank数据库是一个免费的在线资源,由阿尔伯塔大学和TMIC创建和维护。作为一个生物信息学和化学信息学资源,DrugBank结合了详细的药物数据和药物靶标信息。DrugBank Online网站向公众免费开放,但使用和重新分发内容或数据需要获得许可,学术用户可以申请免费许可,其他用户则需要付费许可。
当然除此之外,也可以通过’药融云医药数据库’-开源的76个数据库进行免费下载,覆盖药品研发、全球上市、药品销售、市场信息、原料药情报局、中药、合理用药、生产检验、专利检索、医学文献检索、循证医药、医药交易&投融资等数据板块。
图源:药融云
DrugBank数据库的数据内容
DrugBank数据库捕获了广泛的数据类型,包括但不限于:
- 化学结构
- 小分子药物和生物技术药物
- 药物靶标和转运蛋白
- 药物靶标序列和SNP
- 药物代谢物
- 药物描述和疾病关联
- 剂量数据
- 食物与药物相互作用
- 药物不良反应
- 药理学、作用机制和代谢
- 化学合成
- 专利和定价数据
- 化学性质、命名法和同义词
- 化学分类法
- 药物NMR、GC-MS和LC-MS光谱
图源:drugbank
案列:drugbank数据库怎么查药物靶点?
DrugBank数据库查找药物靶点步骤:
1. 访问DrugBank官方网站 [DrugBank Online]。
2. 在DrugBank的主页面,你可以通过多种方式搜索药物靶点:
- 使用主页快速搜索功能,输入药物名称、靶点名称、作用途径或适应症等信息。
- 进入Search模块,使用更专业的搜索选项,如化学结构搜索、分子量搜索等。
3. 在搜索结果页面,选择你感兴趣的药物条目。
4. 点击药物条目后,页面会展示该药物的详细信息,包括药物作用的靶点名称、分类、结构和相关的生物途径等信息。
5. 你还可以查看药物-药物相互作用的信息,以及药物靶点的详细描述和相关数据。
6. 如果需要下载药物靶点的详细信息,需要注册账号并申请下载权限。
7. 另外,DrugBank数据库的开放数据集是公共域数据集,可以在应用程序或项目中自由使用,并且是按照Creative Common的CC0国际许可证发布的。
DrugBank的数据发布频率为每两年一次,期间每月进行修正和更新,确保了数据库的时效性和准确性,不仅为研究人员提供了宝贵的信息,也为公众提供了药物知识的获取途径,是计算机药物发现和探索的重要工具。