如何安装footLoop软件，来分析PacBio bisulfate处理的DNA测序数据？

如何安装footLoop软件？

按照软件开发者的REASDME默认安装，用
./check_software.pl 来check安装是否成功，出现如下信息：

Please install samtools at least version 0.1.19 before proceeding!

samtools=Unknown Samtools Version!

Please install bowtie2 at least version 2.2.6 before proceeding!

bowtie2=Binary file (standard input) matches

Please make sure to install these softwares first! bedtools (v2.25.0),
bowtie2 (v2.2.6), bismark2 (v0.20.0), R (v3.4.4) … … …

看来是最主要是samtools的问题，用conda安装后，用命令samtools view测试一下，出现如下错误，

dyld: Library not loaded: @rpath/libncursesw.5.dylib Referenced
from: /Users/myang/Ananconda/anaconda3/bin/samtools Reason: image
not found zsh: abort samtools view

网上的意见主要就是，openssl升级的问题，主要在于conda的问题，于是，我就手动编译samtools的源文件samtools-0.1.19.tar.bz2，

tar -jzvf samtools-0.1.19.tar.bz2
cd samtools-0.1.19
make

此外， 要记得手动安装bismark_v0.20.0.tar.gz，

tar -zxvf bismark_v0.20.0.tar.gz
echo “export PATH=$PATH:where/to/install” >> ~/.bashrc