生物软件安装与使用--8 基因组比对软件 的安装与使用

1 Blast

1.1 简介

序列比对

1.2 安装

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
tar -xvf ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz
## 设置环境变量
pwd
/public2/home/wu_yl/honghao/Biosofts/ncbi-blast-2.15.0+/bin
echo 'export PATH=~/honghao//Biosofts/ncbi-blast-2.15.0+/bin:$PATH'>>~/.bash_profile
source ~/.bash_profile
blastn -h

1.3 使用

• Blastn

makeblastdb -in /disk1/shares/Seqs/draft_genome/1140.51.contigs.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out PCC7942_nucl

blastn -query /disk1/shares/Seqs/test_query.fna  -db PCC7942_nucl -evalue 1e-5 -out blast_out_dna.txt -outfmt 6 -num_alignments 10 -num_threads 1

less blast_out_dna.txt

• Blastp

makeblastdb -in /disk1/shares/Seqs/draft_genome/1140.51.faa -dbtype prot -parse_seqids -out PCC7942_prot

blastp -query /disk1/shares/Seqs/test_pro_query.faa -db PCC7942_prot -evalue 1e-3 -out blast_out_pro.txt -outfmt 6 -num_alignments 10 -num_threads 1

less blast_out_pro.txt