生物软件安装与使用--11 bcftools 的安装与使用

1 简介

bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分，用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。

2 安装

bcftools

3 使用

3.1 Bam2Bcf

cd ~/bwa_test

bcftools mpileup -f GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna PCC7942_bwa.bam.sorted>PCC7942_bwa.bcf
less PCC7942_bwa.bcf

3.2 检测突变位点

bcftools call -vm PCC7942_bwa.bcf -o PCC7942_bwa.variant.bcf
bcftools view -v snps,indels PCC7942_bwa.variant.bcf > PCC7942_bwa.snps.vcf
 
less PCC7942_bwa.snps.vcf

3.3 查看 VCF/BCF 文件信息

bcftools view -h PCC7942_bwa.snps.vcf

3.4 过滤 SNP 和 Indel

bcftools filter -o PCC7942_bwa.snps.filtered.vcf -i 'QUAL>20 && DP>5' PCC7942_bwa.snps.vcf

less PCC7942_bwa.snps.filtered.vcf