生物软件安装与使用--10 samtools 的安装与使用

1 介绍

• Samtools是一个用来处理SAM/BAM（SAM的二进制格式，用于压缩空间）格式的比对文件的工具，它能够输入和输出SAM（sequence alignment/map：序列比对）格式的文件，对其进行排序、合并、建立索引等处理。排序后的 .bam用于后续转录本的组装与定量。

2 安装

conda install samtools
# 已安装
samtools

3 使用

3.1 SAM格式转为BAM格式

#为参考基因组建立索引，生成了prefix.fai文件
cd bwa_test/
samtools faidx GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna
less GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.fai

samtools view -bhS -t GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna.fai -o PCC7942_bwa.bam test_bwa_7942.sam
less PCC7942_bwa.bam

samtools sort PCC7942_bwa.bam -o PCC7942_bwa.bam.sorted
#为排序的bam文件建立索引. *.bai文件
samtools index PCC7942_bwa.bam.sorted

3.2 查看比对结果

# 使用samtools tview查看BAM文件的比对结果，并同时显示参考基因组的序列
samtools tview PCC7942_bwa.bam.sorted GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna

$ samtools view [options] <输入bam文件>
-b			以bam格式输出
-u			以未压缩的bam格式输出，一般与linux命令配合使用
-h			在sam输出中包含header信息
-H			只输出header信息
-f [INT]	只输出在比对flag中包含该整数的序列信息
-F [INT]	跳过比对flag中含有该整数的序列
-o [file]	标准输出结果文件

3.3 Bam2Pileup

samtools mpileup -f GCA_000012525.1_ASM1252v1_genomic.fna PCC7942_bwa.bam.sorted >mpileup.txt
less mpileup.txt