生物软件安装与使用
泊頔
湖北大学
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生物软件安装与使用--12 Annovar 的安装与使用
1 介绍可以对SNP和indel进行注释,也可以进行变异的过滤筛选2 安装# 解压缩 annovar.latest.tar.gz 文件到 ~/Biosofts/ 目录tar zvxf /disk1/shares/annovar.latest.tar.gz -C ~/Biosofts/# 运行 annovar 工具的 annotate_variation.pl 脚本~/Biosofts/annovar/annotate_variation.pl# 将 annovar 目录添加到 PATH原创 2023-11-27 17:07:51 · 1196 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--11 bcftools 的安装与使用
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可以用于 SNP 和 Indel 的过滤、注释、统计和可视化等操作。原创 2023-11-27 16:54:11 · 525 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--10 samtools 的安装与使用
【代码】生物软件安装与使用--10 samtools 的安装与使用。原创 2023-11-27 16:37:18 · 968 阅读 · 2 评论 -
生物软件安装与使用--9 短序列比对软件 的安装与使用
【代码】生物软件安装与使用--9 短序列比对软件 的安装与使用。原创 2023-11-27 16:05:00 · 203 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--8 基因组比对软件 的安装与使用
序列比对。原创 2023-11-27 15:37:50 · 147 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--7 基因组装软件 的安装与使用
velvet是最早的用于二代测序的序列拼接工具,用于序列拼接。原创 2023-11-27 14:52:48 · 520 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--6 Seqtk 的安装与使用
seqtk日常序列的处理包括,比如:fq转换为fa,格式化序列,截取序列,随机抽取序列等。原创 2023-11-27 13:58:12 · 587 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--5 SortMeRNA 的安装与使用
去除rRNA,以获得纯mRNA。原创 2023-11-27 13:29:24 · 670 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用
【代码】生物软件安装与使用--4 Trimmomatic 的安装与使用。原创 2023-11-27 13:24:58 · 1032 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用
【代码】生物软件安装与使用--3 Trim_Galore 的安装与使用。原创 2023-11-27 13:16:40 · 1243 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--1 Conda的安装与使用
【代码】生物软件安装与使用--1 Conda的安装与使用。原创 2023-11-27 13:07:19 · 79 阅读 · 0 评论 -
生物软件安装与使用--2FastQC
1 简介作用:FastQC 可以快速多线程地对测序数据(基因组测序、ChIP-Seq、RNA-Seq、BS-Seq等)进行质量评估(Quality Control)。Fast文件展示2 软件安装。原创 2023-11-27 13:01:00 · 312 阅读 · 0 评论