sra文件转为fastq

最新推荐文章于 2024-06-06 14:05:54 发布
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分类专栏： 数据处理 文章标签： 生物信息
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利用软件sratoolkit ，下载地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 

下载后解压，找出其中的 fastq-dump.exe 文件，将其放入装sra的文件夹中，无论是在linux系统,还是windows系统的cmd，cd进入sra文件夹，输入命令行：

fastq-dump -I --split-3 SRR948800.sra -O /output/path/

其中split-3表示如果是单端测序则一个sra文件出来一个fastq文件，如果是双末端，则一个sra问件对应两个fastq问件SRRXXXXXX_1.fastq,SRRXXXXXX_2.fastq


zhang_xiang_li
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sra是NCBI 推出的存储高通量数据的格式，下载后我们需要把sra 转成fastq，然后进行生信分析。下面分别讲一下下载和使用： 下载 下载地址：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 选择适合自己的下载版本，下载后解压（解压命令：tar zxvf *.tar.gz）即可使用，转换软件（fastq-dump）位于bin文件夹下 ..
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