肝癌案例之使用TCGAbiolinks 包查询并下载数据_01

最新推荐文章于 2024-05-27 11:00:16 发布

Oliver-nana

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分类专栏： R与生信文章标签： r语言生物学

本文链接：https://blog.csdn.net/zhangyingna667/article/details/105474400

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本系列博客通过R语言的TCGAbiolinks包，详细介绍如何检索和下载TCGA肝癌相关数据，并进行初步的数据预处理，为后续分析打下基础。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#install package
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("TCGAbiolinks")
library(TCGAbiolinks)

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TCGAbiolinks：TCGAbiolinks

02-05

TCGAbiolinks：TCGAbiolinks

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 数据分析

dxs18459111694的博客

05-28

1326

前面，我们介绍了如何获取TCGA的各种数据。在获取到数据之后，我们就可以进行数据分析及分析结果的可视化了也提供了一些列的函数，通过封装一些常用的算法来简化分析的流程。例如差异基因、富集分析、生存分析等先导入依赖包。

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在更新后的TCGA数据库中利用更新后的TCGAbiolinks下载转录组数据

dudasha的博客

09-04

1278

在更新后的TCGA数据库中利用更新后的TCGAbiolinks下载转录组数据

新版TCGAbiolinks包学习03：差异分析

医学和生信笔记的博客

08-21

2300

上一篇文章里面简单学习了一下表达矩阵的提取，顺便探索了一下SummarizedExperiment对象。今天学习下用TCGAbiolinks做差异分析。加载R包和数据 rm(list = ls())library(SummarizedExperiment)## Loading required package: MatrixGenerics## Loading required package: matr

手动下载新版的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的

医学和生信笔记的博客

08-21

1747

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDC TCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的。今天给大家介绍一个简单点的方法，使用TCGAbiolinks包整理你通过浏览器官网下载的rna-seq数据。通常大家通过浏览器下载后会得到下面的这种很多个文件夹：每个文件夹里是一个样本的表达量数据，tsv格式的：这时候你可以通过之前介绍过的方法得到表达矩阵。但是这个方法对于新手还是不够

TCGAbiolinks包分析TCGA数据

qq_27390023的博客

01-09

1550

TCGAbiolinks包不仅可以下载GDC数据，还能分析数据（differential expression analysis, identifying differentially methylated regions，etc. ) ，以及对分析结果进行可视化操作（e.g., survival plots, volcano plots, starburst plots)。本文主要探索了基因差异表达分析及生存分析，其他功能感觉不太好用，可以参考官方文档。 1. 差异表达基因分析 # if (!re

探索TCGA数据的利器——TCGAbiolinksR包使用技巧

zfyyzhys的博客

05-16

854

如何高效地获取和处理TCGA数据呢？今天我们来聊聊一个非常实用的R包——TCGAbiolinks。

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）

dxs18459111694的博客

07-02

前言 TCGAbiolinks 是一个利用 GDC API 接口来查询、下载和分析 TCGA 数据库的数据的 R 包 TCGAbiolinks 包的功能主要可以分为三大块：数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从 Bioconductor 上安装稳定版本 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install....

终于弄好TCGAbiolinks包的安装，太难了

tttara的博客

10-18

1万+

R小白，弄了很久，终于把TCGAbiolinks包加载好了试了很多种方法都报错了 1、直接install.packages（"TCGAbiolinks"）不行 2、从bioconductor下载R包，本地安装，弹出这个 3、getOption("repos") options(repos=c(CRAN="@CRAN@", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin")) BiocManager::install...

R语言 生信 TCGA准备，TCGAbiolinks包安装存在的问题

aydayUP111的博客

09-22

3289

这是或许需要重启Rstudio就可以成功安装之前删除的dbplyr以及data.table这两个包了。这里按照R提示的把相应的包删除，我要删除的是dbplyr,data.table这两个包。三个R包：TCGAbiolinks，RTCGA，gdcRNAtools。若显示版本，则下载成功，之后可能出现再Rstudio里不显示的问题。删除后再加载TCGAbiolinks就会再R包界面出现该包了。不过我目前加载TCGAbiolinks时依然会有提示说。方便平台：Xena，第三方处理的，可能存在更新不及时。

TCMDA 003-2020 肝胆疾病标准数据规范：肝癌科研病历标准数据集.pdf

最新发布

06-28

### TCMDA 003-2020 肝胆疾病标准数据规范：肝癌科研病历标准数据集 #### 标题解析 **TCMDA 003-2020**：这一编号表明了该文档是按照中国医师协会（CMDA）发布的团体标准制定的，具体为第003号标准，发布于2020年...

泰迪杯全国数据挖掘挑战赛-第一届-C001-C-陈福明_肝癌手术治疗效果评价.pdf

03-24

通过分析过去十年间某医院收集的20个代表性肝癌病例，研究者们尝试构建有效的数据挖掘模型来预测手术后的预后效果，并确定哪些因素对预后有着重要的影响。 **2. 逻辑回归模型** 逻辑回归(Logistic Regression)是一...

基于处方数据挖掘荣远明教授治疗原发性肝癌的思路.pdf

07-14

研究中使用了规范化中药命名、数据集构建、频次统计分析等方法对药物进行分析，结果显示了不同药物的使用频次，并通过数据挖掘技术分析了药物之间的关系。中医药传承与发展：研究的目的是为了更好地传承和发扬名...

基于数据挖掘分析FAM134B在肝癌中的表达及其与预后的关系.pdf

07-14

本文是一篇关于数据挖掘技术在肝癌研究中的应用的学术论文。文章的目的是研究FAM134B基因在肝癌组织中的表达情况，并探讨其表达差异与肝癌患者的临床病理特征和预后生存之间的关系。通过挖掘多个公共数据库资源，...

TCGA 数据下载 —— TCGAbiolinks 简单使用

dxs18459111694的博客

05-27

2784

前言数据查询harmonized 数据库1. 甲基化数据：复发肿瘤样本2. 查询甲基化和表达数据3. 查询原始数据获取 manifest 文件获取 ATAC-seq 数据数据下载与处理查询和下载数据GDCprepare下载 CNV 数据下载转录组数据下载 DNA 甲基化数据下载蛋白质组数据下载临床数据下载 SNV 数据下载单细胞数据是一个利用GDC API接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从上安装稳定版本if (!或者从GitHub。

新版TCGAbiolinks包的可视化功能

医学和生信笔记的博客

11-13

1180

R语言TCGA数据下载及处理biolinks包的学习与使用（一）数据下载