网络药理学：15、（待更）分子动力学模拟MD：水中溶菌酶的分析之RMSD+碳骨架+回旋半径+RMSF+氢键+自由能+DSSP（蛋白质二级结构）

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已于 2024-10-01 21:57:15 修改

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分类专栏：中药网络药理学文章标签：网络药理学生物信息学 MD 分子动力学模拟水中溶菌酶 RMSD RMSF

于 2024-09-26 19:50:21 首次发布

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11.分析RMSD（均方根偏差）

11.1.RMSD的概念、作用与论文标准

RMSD用于评估蛋白质在模拟过程中相对于初始结构的偏差，即看各个原子在分子动力学模拟中的变化。一般RMSD值越小，那么认为整体体系越稳定。

当然，RMSD还有其他作用：

蛋白质结构比对：当两个蛋白质结构进行比对时，RMSD表示它们在空间排列上的差异程度。较低的RMSD值意味着结构更加相似。
药物设计：在配体与受体的对接研究中，RMSD被用来评估配体分子在不同构象下的稳定性及与受体的结合情况。

论文标准：对于蛋白-配体复合物体系，一般我们看小分子配体的RMSD值即可。其RMSD的值需要小于2A（0.2nm＝2A），才认为这次模拟成功了。对于大分子蛋白质，我们只需要看到其最后趋势是趋于平稳的即可。

11.2.运行rms命令

运行命令如下

gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns

参数详解：

-s md_0_1.tpr: 指定拓扑文件（.tpr），该文件包含了模拟的完整信息，包括原子坐标、拓扑、力场参数和模拟参数。于第11步中生成。
-f md_0_1_noPBC.xtc: 指定输入轨迹文件（.xtc），这是包含了模拟过程中所有时间点的原子坐标的压缩轨迹文件。
-o rmsd.xvg: 指定输出文件的名称（.xvg），这个文件将包含计算得到的 RMSD 值随时间的变化。
-tu ns: 指定时间单位（time unit）。在这里，ns 表示纳秒（nanoseconds），使得输出文件中的时间轴以纳秒为单位。

我们看到选择列表如下：
在这里插入图片描述选择 1 （“Protein”）后回车。
再选择 1 （“Protein”）后回车。

得到的rmsd.xvg打开如下：
在这里插入图片描述

可以看到在0.7ns左右趋于稳定。
注意这里不要关闭qtgrace也不要关闭该画面。

12.分析碳骨架

输入命令：

gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns

我们看到选择列表如下：
在这里插入图片描述
选择 4 （“Backbone”）后回车。
再选择 4 （“Backbone”）后回车。

直接将得到的rmsd_xtal.xvg拖拽到第11步RMSD的qtgrace软件中，如下：
在这里插入图片描述
绿色线条即碳骨架，可以看到整体趋势和RMSD一样，在0.7ns左右趋于稳定。

如果拖拽一次不显示，多拖拽几次。

13.分析回旋半径

13.1.回旋半径的概念、作用

回旋半径反映了分子整体紧凑性或展开成都，可用于研究蛋白质的折叠状态。
或者简单来说，回旋半径是一种宏观的“键长”。众所周知，键长越短，键能越大。
那么对于蛋白-配体复合物体系，其回旋半径越小，也代表着蛋白与配体的键长越短，两者结合的越紧密，越好。

13.2.运行gyrate命令

输入命令：

gmx gyrate -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o gyrate.xvg

显示选择列表如下：
在这里插入图片描述
我们输入1后回车，表示蛋白质来分析。

得到gyrate.xvg，用qtgrace打开：
在这里插入图片描述
可以看到黑色线条是整体的回旋半径（下面三条彩色的分别是x y z轴的回转半径），几乎是水平的趋势，所以说明体系较为稳定。（如果呈现下降的趋势，那么说明体系会越来越稳定）

14.分析RMSF（根均方波动）

RMSF用于评估每个原子或残基在模拟过程中的波动幅度，可以揭示哪些
区域最灵活或最稳定。
图来源：B站up主DS医学生

横坐标为氨基酸残基序号，纵坐标刻度为nm，四种颜色代表四个蛋白-配体复合物体系。
可以看到青色线条在33号位左右有一个峰值，这说明该处很有可能是一个活性位点。

15.分析氢键

图来源：B站up主DS医学生

16.分析自由能

包括：分子力学能MM（范德华力VDW 、库仑力COU）、极性溶剂化能PB、非极性溶剂化能SA、结合自由能dG、热力学参数（ΔH、ΔS）、抑制常数Ki

17.分析DSSP（蛋白质二级结构分析）

图来源：B站up主DS医学生
coil：无规则卷曲
B-Sheet：β-折叠

可以看0-4000ps的区间，在10号氨基酸附近，部分白色区域变成红色区域，这意味着无规则卷曲变成了β-折叠。这意味着10号位可能是活性位点。

常见问题：处理缺失的原子

如果输入的PDB文件中有缺失的原子，pdb2gmx 可能会提示你处理这些缺失的原子。根据需要选择相应的选项。如下：

Fatal error:
Residue 165 named MET of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CG used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.

gmx pdb2gmx 遇到了一个问题，提示你在输入文件中找不到某个残基（MET, 即甲硫氨酸）的特定原子（CG）。这个问题通常与PDB文件中的残基和原子命名不一致有关。

解决步骤
检查PDB文件：

打开 new_7dhg.pdb 文件，找到第165个残基（MET）。
检查这个残基的原子命名是否与GROMACS拓扑数据库中的命名一致。特别是查看是否有名为CG的原子。
修正残基命名：

如果原子CG缺失，可能是因为PDB文件中的命名不符合GROMACS的要求。你可以手动编辑PDB文件，确保所有原子都正确命名，或者添加缺失的原子。
你可以使用文本编辑器打开PDB文件，查找MET残基的定义（通常是以MET开头的行），并确保原子命名符合标准（如：N, CA, C, O, CB, CG等）。
使用其他工具检查结构：

你可以使用其他分子可视化工具（如PyMOL或Chimera）来查看和编辑PDB文件。这些工具可以帮助你更直观地发现问题。
重新运行 pdb2gmx：

修正完PDB文件后，保存更改，并重新运行 gmx pdb2gmx 命令。