本文提供了 Mitofinder 软件的安装和使用说明,该软件用于分析线粒体 DNA 数据,对线粒体基因进行注释。
mitofinder 软件的作用
mitofinder 是一款用于分析线粒体 DNA 序列的软件。它可以帮助研究人员识别线粒体 DNA 中的突变和变异,并了解这些变化与疾病之间的关系。
从源码安装 MitoFinder
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安装依赖项:
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y git wget
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克隆源码:
git clone https://github.com/RemiAllio/MitoFinder.git
cd MitoFinder
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运行安装脚本:
./install.sh
-
设置环境变量:
- 在
.bashrc
中添加:echo 'export PATH=$PATH:/home/luolintao/MitoFinder-master' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc
- 在
验证安装
mitofinder --version
运行注释
MitoFinder 运行需要指定参考基因组文件。你需要提供一个参考的线粒体基因组文件,并使用 -r
选项来指定这个文件。
你需要一个参考的线粒体基因组文件,通常是 GenBank 格式(.gb)的文件。你可以从 NCBI 或其他数据库下载合适的参考基因组。
请运行上述命令,MitoFinder 应该会开始处理并进行线粒体基因组的注释。如果你在运行过程中遇到任何问题,请提供详细的错误信息以便进一步帮助。
mitofinder -j 10K_huge -a /输入文件.fasta -r /参考序列sequence.gb -o 2 -m mitochondrion
密码表格
- The Standard Code: 常规的标准遗传密码表。
- The Vertebrate Mitochondrial Code: 脊椎动物线粒体密码表。
- The Yeast Mitochondrial Code: 酵母线粒体密码表。
- The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma Code: 霉菌、原生动物、刺胞动物线粒体密码表以及支原体/螺旋体密码表。
- The Invertebrate Mitochondrial Code: 无脊椎动物线粒体密码表。
- The Ciliate, Dasycladacean and Hexamita Nuclear Code: 纤毛虫、Dascycladacean 和 Hexamita 核密码表。
- The Echinoderm and Flatworm Mitochondrial Code: 棘皮动物和扁虫线粒体密码表。
- The Euplotid Nuclear Code: Euplotid 核密码表。
- The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code: 细菌、古菌和植物质体密码表。
- The Alternative Yeast Nuclear Code: 替代的酵母核密码表。
- The Ascidian Mitochondrial Code: 被囊动物线粒体密码表。
- The Alternative Flatworm Mitochondrial Code: 替代的扁虫线粒体密码表。
- Chlorophycean Mitochondrial Code: 绿藻线粒体密码表。
- Trematode Mitochondrial Code: 吸虫线粒体密码表。
- Scenedesmus obliquus Mitochondrial Code: Scenedesmus obliquus 线粒体密码表。
- Thraustochytrium Mitochondrial Code: Thraustochytrium 线粒体密码表。
- Pterobranchia Mitochondrial Code: Pterobranchia 线粒体密码表。
- Candidate Division SR1 and Gracilibacteria Code: SR1 候选门类和 Gracilibacteria 密码表。