下面内容摘录自《用R探索医药数据科学》专栏文章的部分内容。栏目后续章节的文章将深入概括R语言在临床研究和新药创新领域的应用,填补了国内R教材中尚未广泛覆盖的部分内容。
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R语言以其强大的功能和灵活的扩展性,成为了无数数据分析师和研究者的首选工具。R的丰富功能和海量扩展包直接相关,但如何高效管理这些扩展包,进而充分发挥R的强大潜力?本文将为您揭示这些问题的答案。
一、R的扩展包
R的包(packages)是由R函数、数据和预编译代码组成的一种结构化集合。在R安装时,自带了一些基础包,这些基础包提供了常用的默认函数和数据集。除此之外,我们还可以根据需要下载和安装其他扩展包。安装完扩展包后,必须将其载入内存才能使用。
目前,R的包归档系统被称为Comprehensive R Archive Network(CRAN),即R的官方网址:CRAN。
截至目前,CRAN上已有超过18,909个R扩展包可供下载。建议访问网址:CRAN镜像 以从R官方提供的36个主题中(如临床试验设计、机器学习、生存分析、心理测量模型等)查找相关的R扩展包。
1、使用RStudio界面查看已安装的R包
RStudio提供了用户友好的界面来查看和管理R包。在RStudio中,可以通过以下步骤查看已安装的包:
如上图,打开RStudio:启动RStudio,进入主界面。访问“Packages”窗口:在RStudio的右下角,找到“Packages”窗口。这个窗口列出了所有已安装的R包。搜索和过滤:可以使用窗口顶部的右侧的搜索框来查找特定的包。此外,还可以使用“Update”标签页查看是否有包的更新。包详细信息:点击某个包的名称,可以查看包的详细信息,包括包的描述、版本、依赖关系等。
2、使用RStudio界面安装扩展包
RStudio也提供了一种便捷的包安装方法。只需转到“Packages”窗口,点击“Install”按钮,就会弹出一个对话框。在对话框中输入要安装的包名(例如“tidyr”),然后点击“Install”按钮。安装完成后,您会在“Packages”窗口中看到“tidyr”包。点击包前的方框(或者输入命令 library(tidyr)
)即可加载该包。
如上图,在RStudio的“Packages”窗口中,点击“Install”按钮将弹出一个对话框。在对话框中输入要安装的包名(例如“tidyr”),然后点击“Install”即可。安装完成后,您将在“Packages”窗口中看到新安装的包。要加载包,只需点击包前的方框,或在R控制台中输入 library(tidyr)
命令即可。
如上图,RStudio还提供了一个“Update”按钮。您可以通过点击这个按钮来检查并更新已安装的包。更新过程中,RStudio会列出所有可以更新的包,您可以选择需要更新的包,然后进行升级。
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第一章:认识数据科学和R
1章1节:数据科学的发展历程,何 R 备受青睐及我们专栏的独特之处(更新20240822)-CSDN博客
1章2节:关于人工智能、机器学习、统计学连和机器学习、R 与 ChatGPT 的探究 (更新20240814)-CSDN博客
1章3节:R 语言的产生与发展轨迹(更新2024/08/14)-CSDN博客
1章4节:数据可视化, R 语言的静态绘图和 Shiny 的交互可视化演示(更新20240814)-CSDN博客
第二章:R的安装和数据读取
2章1节:R和RStudio的下载和安装(Windows 和 Mac)_rst语言选择哪个镜像-CSDN博客
2章2节:RStudio 四大区应用全解,兼谈 R 的代码规范与相关文件展示_rstudio的console和terminal-CSDN博客
2章3节:RStudio的高效使用技巧,自定义RStudio环境(更新20240823)_rstudio如何使用-CSDN博客
2章4节:用RStudio做项目管理,静态图和动态图的演示,感受ggplot2的魅力-CSDN博客
2章5节:认识和安装R的扩展包,什么是模糊搜索安装,工作目录和空间的区别与设置(更新20240807 )-CSDN博客
2章6节:R的数据集读取和利用,如何高效地直接复制黏贴数据到R(更新20240807 )_r语言 复制数据集-CSDN博客
2章7节:读写RDS,CSV,TXT,Excel,SPSS、SAS、Stata、Minitab等的数据文件(更新20240807)_r语言读取rds文件-CSDN博客
2章8节:一文学会 R Markdown 的文档核心操作,切记文末有R资源的分享_r markdown文件(.rmd)-CSDN博客
2章9节:认识R与数据库连接和网络爬虫,学会在R中使用SQL语言_sql和r语言-CSDN博客
2章10节:用 R 直接下载并分析 NHANES 数据库的数据,文末示例自创便捷下载函数(更新20240807)_nhanes数据分析-CSDN博客
第三章:认识数据
3章1节:数据的基本概念以及 R 中的数据结构、向量与矩阵的创建及运算-CSDN博客
3章2节:继续讲R的数据结构,数组、数据框和列表-CSDN博客
3章3节:R的赋值操作与算术运算_r里面的赋值-CSDN博客
第四章:数据的预处理
4章1节:全面了解 R 中的数据预处理,通过 R 基本函数实施数据查阅_r数据预处理-CSDN博客
4章2节:从排序到分组和筛选,通过 R 的 dplyr 扩展包来操作-CSDN博客
4章3节:处理医学类原始数据的重要技巧,R语言中的宽长数据转换,tidyr包的使用指南-CSDN博客
4章4节:临床数据科学中如何用R来进行缺失值的处理_临床生存分析缺失值r语言-CSDN博客
4章5节:数据科学中的缺失值的处理,删除和填补的选择,K最近邻填补法-CSDN博客
4章6节:R的多重填补法中随机回归填补法的应用,MICE包的实际应用和统计与可视化评估-CSDN博客
4章7节:用R做数据重塑,数据去重和数据的匹配-CSDN博客
4章8节:用R做数据重塑,行列命名和数据类型转换-CSDN博客
4章9节:用R做数据重塑,增加变量和赋值修改,和mutate()函数的复杂用法_r语言如何在数据集中添加变量-CSDN博客
4章10节:用R做数据重塑,变体函数应用详解和可视化的数据预处理介绍-CSDN博客
4章11节:用R做数据重塑,数据的特征缩放和特征可视化-CSDN博客
4章12节:R语言中字符串的处理,正则表达式的基础要点和特殊字符-CSDN博客
4章13节:R语言中Stringr扩展包进行字符串的查阅、大小转换和排序-CSDN博客
4章14节:R语言中字符串的处理,提取替换,分割连接和填充插值_r语言替换字符串-CSDN博客
4章15节:字符串处理,提取匹配的相关操作扩展,和Stringr包不同函数的重点介绍和举例-CSDN博客
4章16节:R 语言中日期时间数据的关键处理要点_r语言 时刻数据-CSDN博客
第五章:定量数据的统计描述
5章1节:用R语言进行定量数据的统计描述,文末有众数的自定义函数-CSDN博客
5章2节:离散趋势的描述,文末1个简单函数同时搞定20个结果-CSDN博客
5章3节:在R语言中,从实际应用的角度认识假设检验-CSDN博客
5章4节:从R语言的角度认识正态分布与正态性检验-CSDN博客
5章5节:认识方差和方差齐性检验(三种方法全覆盖)-CSDN博客
5章9节:组间差异的非参数检验,Wilcoxon秩和检验和Kruskal-Wallis检验-CSDN博客
第六章:定性数据的统计描述
6章1节:定性数据的统计描述之列联表,文末有优势比计算介绍-CSDN博客
6章2节:认识birthwt数据集,EpiDisplay和Gmodels扩展包的应用-CSDN博客
6章3节:独立性检验,卡方检验,费希尔精确概率检验和Cochran-Mantel-Haenszel检验-CSDN博客
6章4节:相关关系和连续型变量的Pearson相关分析-CSDN博客
6章5节:分类型变量的Spearman相关分析,偏相关分析和相关图分析-CSDN博客
6章6节:相关图的GGally扩展包,和制表的Tableone扩展包-CSDN博客